置顶 · 个人新博客

2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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linux 修改系统时间与同步系统时间

陈照强 2014-10-9 16:37

背景： 有些试用软件会有时间限制 这时候可以通过修改系统时间来达到重新试用软件的目的。 ########################################################### 方法： 对权限有要求 su进入root用户 然后date -s 2010/10/1 这里s代表setting 年月日也可以是日月年，和年份相连的是月份 date -s 1/10/2010 ...

个人分类: 系统|2600 次阅读|没有评论

pop=NPA pop=NBO pop=NLMO的关系

陈照强 2014-9-30 14:42

sob的一图胜千言啊 先计算NPA电荷然后计算nbo最后计算NLMO 后者包含了前者的过程

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构效关系分析之相似性计算

陈照强 2014-9-24 13:53

背景： 得到了一个苗头化合物后，对这个化合物进行衍生，购买大量相似性化合物，进行送样测试 得到活性数据后，一部分化合物是有活性的，另一部化合物是没有活性的。 我希望将有活性的化合物和苗头活性化合物进行相似性比较，重点不是看相似性得分，而是观察结构的差异； 我希望将有没有活性的化合物和苗头活性化合物 ...

个人分类: DrugDesign|3785 次阅读|没有评论

提取高斯log文件中的晗 熵 吉布斯自由能

陈照强 2014-9-15 11:11

Sum of electronic and thermal Energies 对应的是内能 不是熵 Sum of electronic and thermal Enthalpies 对应的是焓 Sum of electronic and thermal Free Energies 对应的是吉布斯自由能 默认温度是298k 焓的批量提取 grep thermal Enthalpies *.log 吉布斯自由能的批量提取 ...

个人分类: DrugDesign|17360 次阅读|1 个评论

如何批量提取分子的HOMO lumo的值

陈照强 2014-9-12 10:04

如果需要显示HOMO LUMO 轨道, 电脑中需要同时安装Gaussian 和GView. 背景： 课题中被要求提取HOMO lumo的值 有人说从fchk（chk）中提取，又有人说可以从log中提取。 他们的做法是用gauss view打开fchk文件，或者log文件。 然后右击--》edit--》MOs，没必要选中任何原子，因为homo lumo是针对分子的 ...

个人分类: DrugDesign|7907 次阅读|1 个评论

multiwfn 进行AIM分析

陈照强 2014-9-10 23:20

背景： 在别人研究卤键的文章中，看到别人进行了AIM分析。 建立关键点。分析关键点的电子密度能量的情况。 前人的研究可以发现从这些参数中可以判断出键的类型，静电为主，还是共价为主。 也可以反应键的强弱。 这里的具体使用规则，以后再详细补充，这里先讲下怎么产生这些参数。 ############################# ...

个人分类: DrugDesign|10321 次阅读|没有评论

multiwfn结合pymol绘制卤素sigma-hole区域

陈照强 2014-9-3 13:11

背景： 研究卤键肯定要绘制sigma-hole区域，multiwfn是分析表面静电势的好工具。其开发者sob熟悉VMD， 不熟悉PYMOL，所以她的博客中是Multiwfn 和VMD的联用。 精通一个软件的成本还是挺大的，尤其是熟练pymol的情况下，让我操作vmd，总是不愿意。 于是我试了下pymol，发现pymol也是可以绘制sigma-hole区域的。 知道so ...

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