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multiwfn 进行AIM分析

已有 7018 次阅读 2014-9-10 23:20 |个人分类:DrugDesign|系统分类:科研笔记

背景:

在别人研究卤键的文章中,看到别人进行了AIM分析。

建立关键点。分析关键点的电子密度能量的情况。

前人的研究可以发现从这些参数中可以判断出键的类型,静电为主,还是共价为主。

也可以反应键的强弱。

这里的具体使用规则,以后再详细补充,这里先讲下怎么产生这些参数。

######################################################################

方法:

step1:

首先通过gauss进行计算,得到chk文件,

然后formchk  xxx.chk文件,得到fchk文件。

step2:继下来就可以通过multiwfn分析fchk文件

(把这个软件和要分析的fchk文件放到同一个目录下面,这样在载入文件的时候就不需要输入路径了)

打开multiwfn

然后输入xxx.fchk文件名

再选择2 topology analysis

接着就是寻找关键点。对于卤键,它的关键点是在卤素和levis碱之间

寻找关键点,首先是猜测关键点可能存在的地方。

这里提供了多种猜测方法。

这里我们选择3 search CPS from midpoint of atom pairs.

然后再选择0 print and visualize all generated CPS,paths,surfaces.

这时候会打开一个图形界面,

如果没有找到自己想要的关键点,就选择其他方法重新寻找。

如果有自己想要的关键点,记下它的编号


这里我们想要的编号是6

然后点击return回到主界面

再选择7show realspace funciton values at specific CP or CPS

然后输入刚刚得到的编号6

我们就可以得到关键点6的详细细节

http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=950202&view=autodataming


http://blog.sciencenet.cn/blog-950202-826669.html  

 

导出BCP的数据到文本或者pdb中

-4 Modify or Export CPs (critical points)


然后记录对应的参数,整理成表格。

再根据规则,判断键的类型和强弱,就完成了AIM分析。



http://wap.sciencenet.cn/blog-950202-826669.html

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