GMPBSA2.1计算结合能，需要进行如下准备：

1. 修改gmxpbsa0.sh

       GMPBSA2.1不能识别最新版的gromacs生成的tpr文件，必须对gmxpbsa0.sh进行修改方可使用，具体如下：

*line 134 becomes: set_variable_default2 "gmx_prefix" "gmx_AVX2"; (gmx_AVX2 is the name of my executable, change with wathever you want)

*line 140 becomes: pdb2gmx="${gmx_prefix} pdb2gmx${gmx_suffix}"; trjconv="${gmx_prefix} trjconv${gmx_suffix}"; mdrun="${gmx_prefix} mdrun${gmx_suffix} -ntmpi 1"; grompp="${gmx_prefix} grompp${gmx_suffix}"; editconf="${gmx_prefix} editconf${gmx_suffix}"; tpbconv="${gmx_prefix} tpbconv${gmx_suffix}"; gmx="${gmx_prefix}" (I added the spaces after gmx_prefix)

*line 149, 151, 155, 168, 172 : change $editconf with $gmx in the conditions ; e.g. for line 149, which becomes: nf=$(which $gmx 2>/dev/null | awk -F / '{print NF-1 }')

*line 198: the mdrun command was changed to mdrun="${gmx} mdrun -ntmpi 1"

2.生成只含有受体链和配体的轨迹文件、tpr文件、topol文件和index.ndx文件。如果轨迹中除了受体链和配体，还有其他亚基或成分，则需要把受体链和配体的轨迹提取出来，并生成相应的tpr文件、topol文件和index.ndx文件。

 (1) path="path/to/md/directory"

 (2）在原来的index.ndx中创建受体链（chain_A)组和复合物组（complex)

     gmx make_ndx -f md.gro -n index.ndx

     >a 1-5846

     >name 52 chain_A

     >52|14

     >name 53 complex

     >q     

 (3)gmx trjconv -f $path\/md_2.xtc -s $path\/md_2.tpr -n $path\/index.ndx -skip 10 -o complex1.xtc

（4）gmx trjconv -f $path\/md_2.xtc -s $path\/md_2.tpr -n $path\/index.ndx -b 0 -e 0 -o chain_A.pdb

（5）gmx trjconv -f $path\/md_2.xtc -s $path\/md_2.tpr -n $path\/index.ndx -b 0 -e 0 -o ligand.gro

 (6) gmx pdb2gmx -f chain_A.pdb -ignh -o chain_A.gro

 (7) 将chain_A.gro和ligand.gro合并成complex.gro

 (8) gmx grompp -f ions.mdp -c complex.gro -p topol.top -o complex.tpr

  （9）gmx make_ndx -f complex.gro

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