瑞士巴塞尔罗氏创新中心J. Gray Camp，瑞士生物系统科学与工程系Barbara Treutlein和Lucas Pelkmans共同合作，近期取得重要工作进展。他们合作研究了人视网膜类器官发育的多模态时空表型。相关研究成果2023年5月8日在线发表于《自然—生物技术》杂志上。
据介绍，由人类多能干细胞产生的类器官为研究发育和疾病提供了实验系统，但缺乏不同空间尺度和分子模式的定量测量。
研究人员生成了视网膜类器官时间过程和原发性成人视网膜组织的多重蛋白质图谱。研究人员开发了一个工具包来可视化祖细胞和神经元的位置、细胞外和亚细胞成分的空间排列以及每个类器官和原代组织中的全局模式。
此外，研究人员生成了一个单细胞转录组和染色质可及性时间进程数据集，并推断了类器官发育的基因调控网络。研究人员将具有空间分割细胞核的基因组数据整合到多模式图谱中，以探索类器官模式和视网膜神经节细胞（RGC）空间邻域，突出了RGC细胞死亡的相关途径，并表明视网膜类器官中的嵌合遗传扰动为细胞命运调控提供了见解。
附：英文原文
Title: Multimodal spatiotemporal phenotyping of human retinal organoid development
Author: Wahle, Philipp, Brancati, Giovanna, Harmel, Christoph, He, Zhisong, Gut, Gabriele, del Castillo, Jacobo Sarabia, Xavier da Silveira dos Santos, Aline, Yu, Qianhui, Noser, Pascal, Fleck, Jonas Simon, Gjeta, Bruno, Pavlini, Dinko, Picelli, Simone, Hess, Max, Schmidt, Gregor W., Lummen, Tom T. A., Hou, Yanyan, Galliker, Patricia, Goldblum, David, Balogh, Marton, Cowan, Cameron S., Scholl, Hendrik P. N., Roska, Botond, Renner, Magdalena, Pelkmans, Lucas, Treutlein, Barbara, Camp, J. Gray
Issue&Volume: 2023-05-08
Abstract: Organoids generated from human pluripotent stem cells provide experimental systems to study development and disease, but quantitative measurements across different spatial scales and molecular modalities are lacking. In this study, we generated multiplexed protein maps over a retinal organoid time course and primary adult human retinal tissue. We developed a toolkit to visualize progenitor and neuron location, the spatial arrangements of extracellular and subcellular components and global patterning in each organoid and primary tissue. In addition, we generated a single-cell transcriptome and chromatin accessibility timecourse dataset and inferred a gene regulatory network underlying organoid development. We integrated genomic data with spatially segmented nuclei into a multimodal atlas to explore organoid patterning and retinal ganglion cell (RGC) spatial neighborhoods, highlighting pathways involved in RGC cell death and showing that mosaic genetic perturbations in retinal organoids provide insight into cell fate regulation.
DOI: 10.1038/s41587-023-01747-2
Source: https://www.nature.com/articles/s41587-023-01747-2
Nature Biotechnology：《自然—生物技术》，创刊于1996年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：68.164
官方网址：https://www.nature.com/nbt/
投稿链接：https://mts-nbt.nature.com/cgi-bin/main.plex
本期文章：《自然—生物技术》：Online/在线发表
