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英国惠康基因组校区Sarah A. Teichmann，Menna R. Clatworthy和澳大利亚昆士兰大学Zewen Kelvin Tuong共同合作，近期取得重要工作进展。他们研究开发了Dandelion工具，这一工具能够利用单细胞适应性免疫受体库来探索淋巴细胞的发育起源。相关研究成果2023年4月13日在线发表于《自然—生物技术》杂志上。

据介绍，单细胞基因表达评估（单细胞RNA测序）和适应性免疫受体（AIR）测序（scVDJ-seq）在研究淋巴细胞生物学研究中具有非常重要的价值。

研究人员介绍Dandelion，一种用于scVDJ-seq分析的计算管道。它能够将标准的V（D）J分析工作流程应用于单细胞数据集，提供改进的V（D）J重叠群注释和非生产性和部分剪接的重叠群的识别。研究人员设计了一种策略来创建AIR特征空间，该特征空间可用于差分V（D）J使用分析和伪时间轨迹推断。

总之，Dandelion的应用改善了双阳性T细胞与成熟单阳性CD4/CD8 T细胞的人类胸腺发育轨迹的一致性，从而预测了调节谱系定型的因素。对其他细胞区室的Dandelion分析为人类B1细胞的起源和ILC/NK细胞的发育提供了见解，说明了这一方法的强大性。Dandelion工具的获取路径：https://www.github.com/zktuong/dandelion.

附：英文原文

Title: Dandelion uses the single-cell adaptive immune receptor repertoire to explore lymphocyte developmental origins

Author: Suo, Chenqu, Polanski, Krzysztof, Dann, Emma, Lindeboom, Rik G. H., Vilarrasa-Blasi, Roser, Vento-Tormo, Roser, Haniffa, Muzlifah, Meyer, Kerstin B., Dratva, Lisa M., Tuong, Zewen Kelvin, Clatworthy, Menna R., Teichmann, Sarah A.

Issue&Volume: 2023-04-13

Abstract: Assessment of single-cell gene expression (single-cell RNA sequencing) and adaptive immune receptor (AIR) sequencing (scVDJ-seq) has been invaluable in studying lymphocyte biology. Here we introduce Dandelion, a computational pipeline for scVDJ-seq analysis. It enables the application of standard V(D)J analysis workflows to single-cell datasets, delivering improved V(D)J contig annotation and the identification of nonproductive and partially spliced contigs. We devised a strategy to create an AIR feature space that can be used for both differential V(D)J usage analysis and pseudotime trajectory inference. The application of Dandelion improved the alignment of human thymic development trajectories of double-positive T cells to mature single-positive CD4/CD8 T cells, generating predictions of factors regulating lineage commitment. Dandelion analysis of other cell compartments provided insights into the origins of human B1 cells and ILC/NK cell development, illustrating the power of our approach. Dandelion is available at https://www.github.com/zktuong/dandelion.

DOI: 10.1038/s41587-023-01734-7

Source: https://www.nature.com/articles/s41587-023-01734-7

Nature Biotechnology：《自然—生物技术》，创刊于1996年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：68.164
官方网址：https://www.nature.com/nbt/
投稿链接：https://mts-nbt.nature.com/cgi-bin/main.plex