小柯机器人

美国约翰霍普金斯大学医学院Andrew E. Jaffe和Keri Martinowich研究组合作取得最新进展。他们建立了人类背外侧前额叶皮层转录组规模空间基因表达。相关论文于2021年2月8日发表于国际顶尖学术期刊《自然-神经科学》。

他们使用10x Genomics Visium平台来定义六层人类背外侧前额叶皮层中基因表达的空间形貌。他们确定了广泛的层富集的表达特征和与以前的层状标记的精确关联。他们在大规模单核RNA测序数据上覆盖了层流表达特征，从而增强了表达驱动簇的空间注释。

通过整合神经精神疾病基因集，他们显示了与精神分裂症和自闭症谱系障碍相关的基因的差异富集层表达，突出了空间定义表达的临床意义。然后，他们开发了一个数据驱动的框架来定义空间转录组学数据中的非监视簇，该簇可以应用于形态学结构不如皮质层状组织定义得完好的其他组织或脑区域。

最后，他们为科学界创建了一个Web应用程序，以探索这些原始数据和摘要数据，以增强正在进行的神经科学和空间转录组学研究（http://research.libd.org/spatialLIBD）。

附：英文原文

Title: Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex

Author: Kristen R. Maynard, Leonardo Collado-Torres, Lukas M. Weber, Cedric Uytingco, Brianna K. Barry, Stephen R. Williams, Joseph L. Catallini, Matthew N. Tran, Zachary Besich, Madhavi Tippani, Jennifer Chew, Yifeng Yin, Joel E. Kleinman, Thomas M. Hyde, Nikhil Rao, Stephanie C. Hicks, Keri Martinowich, Andrew E. Jaffe

Issue&Volume: 2021-02-08

Abstract: We used the 10x Genomics Visium platform to define the spatial topography of gene expression in the six-layered human dorsolateral prefrontal cortex. We identified extensive layer-enriched expression signatures and refined associations to previous laminar markers. We overlaid our laminar expression signatures on large-scale single nucleus RNA-sequencing data, enhancing spatial annotation of expression-driven clusters. By integrating neuropsychiatric disorder gene sets, we showed differential layer-enriched expression of genes associated with schizophrenia and autism spectrum disorder, highlighting the clinical relevance of spatially defined expression. We then developed a data-driven framework to define unsupervised clusters in spatial transcriptomics data, which can be applied to other tissues or brain regions in which morphological architecture is not as well defined as cortical laminae. Last, we created a web application for the scientific community to explore these raw and summarized data to augment ongoing neuroscience and spatial transcriptomics research (http://research.libd.org/spatialLIBD).

DOI: 10.1038/s41593-020-00787-0

Source: https://www.nature.com/articles/s41593-020-00787-0

Nature Neuroscience：《自然—神经科学》，创刊于1998年。隶属于施普林格·自然出版集团，最新IF：28.771
官方网址：https://www.nature.com/neuro/
投稿链接：https://mts-nn.nature.com/cgi-bin/main.plex