坦率地说，从我的观点来看，无论自然选择，表观遗传还是中性漂变，都不是完整的进化论，都在陈述一个片面，所以你看到说某某跟某某相冲突并不奇怪，这也是进化论所以不断有新的观点出现的原因。中性理论我比较倾向于无方向的中性漂变，但是这要求不同类型的碱基对分子力基本相同，由于内环境对不同遗传基因的影响产生差异，导致实际产生的分子漂变有所不同，这就是木村统计出来的结果。而内环境的变化与平衡状态很大程度受到外部环境包括自然环境和生物间博弈的影响，这些环环相套的综合结果，最后在生物的个体上表现出来遗传的特征，在物种上表现出来进化的趋势。如果不能从这些环环相扣的影响中思考整个进化的问题，只是看某个局部符合一个理论，肯定会在另外发现矛盾，这样大家就只能各自坚持自己的观点，没法彼此说服。表观的可遗传性不同于遗传基因，具有极端的不确定性，理论基础很不扎实，很多论文的例证是完全错误的，目前来说表观遗传学只能自我发展，无法用来否定什么理论，人们不能用不自洽的理论来说其它理论存在问题。人们对于进化论认识的误区，就是觉得需要用一个理论来替代另一个理论，而不是认为自己的理论本来就陈述得不完整。换一个角度思考进化论的问题，一个理论研究了马蹄，一个理论研究了马头，一个理论研究了马尾，尽管都在研究马，不过他们的结论不同并不奇怪，把这些理论的合并起来看，对于马的认识会更完整，所以我说要有一个综合进化论。
具体说甲基化引导分子漂变的方向，表面上可能导致了实际漂变的速率发生变化，但是这里的潜台词是假如没有这些甲基化效应，以及其它效应，分子漂变应该是中性的，这是我坚持的一个最基本原则。另外中性理论告诉我们，关键性功能的基因漂变可能性极小，说明这些基因实际上是受到很好的保护和修复，并不是这些基因本身的漂变速率跟其它有所不同。那么这些保护和修复机制来源何方？我们可以认为是进化的累积效应+生物个体生存的自然环境以及生物间博弈环境的总和。还有一种误解，人们总是认为进化只有负向的压力，其实也有正向的牵拉力，好的基因及其变异将会受到奖励，这种奖励不也就是保护和修复机制吗？别的生物学家看到的是矛盾，我看到的都是相互印证的范例。

有一个有关进化论的讨论，可以参考看看国外的大牛们的思考：
http://tieba.baidu.com/p/3342054710