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kraken2个性化建库: 刘树青 2023-8-11 21:53; 1. kraken2 安装 1. 下载 Kraken2 下载地址： https://github.com/DerrickWood/kraken2/releases/tag/v2.1.3/ 解压 kraken2-2.1.3/ 2. 安装到指定位置（ ../install/ ） install_kraken2.sh ../install/ 2.个性化建库创建个性化库 patho 步骤 ...; 1767 次阅读|4 个评论

seqkit replace使用说明: 刘树青 2023-8-9 00:02; 功能：使用正则表达式替换 name 以及 sequence 。定义： name: 描述行； sequence: 序列行； seqid:name 第一个空格前的 ID 号； descriptions : name 第一个空格后的部分。 -p, --pattern string 正则表达式 -r, --replacement string &nb ...; 1327 次阅读|2 个评论

R语言默认工作路径设置: 刘树青 2023-8-6 12:48; 方法 1 （ global options 设置 | 永久）首先在 tools 菜单栏下，点击 global options 选项然后在 default working directory 中可以修改默认工作路径，点 browse 修改工作路径最后 Apply ，重启 Rstudio 。工作路径就变成已修改的路径了。 ...; 2111 次阅读|没有评论

R和Rstudio安装说明: 刘树青 2023-8-6 11:05; R 安装下载完 R安装包下载地址为： https://cran.r-project.org 进入链接，如下图所示，在页面顶部提供了三个下载链接，分别对应三种操作系统：Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接，接下来我将以windows为例给大家展示安装过程。接下来单击【 D ...; 1383 次阅读|没有评论

pandas数据合并pd.merge: 刘树青 2023-7-8 19:08; 模拟数据： df1 = pd.DataFrame({'Name': , 'Marks': , & ...; 1076 次阅读|没有评论

pandas中阶实战: 刘树青 2023-7-8 15:09; 模拟数据： df = pd.DataFrame({'region': , 'province': , 'gdp-p ...; 978 次阅读|22 个评论

taxonkit联合csvtk，生成Taxonomy（NCBI）: 刘树青 2023-6-12 22:27; 命令： cat taxid.list | taxonkit lineage | taxonkit reformat -f {k}\t{p}\t{c}\t{o}\t{f}\t{g}\t{s} -F -P | csvtk cut -I -t -f -2 | csvtk add-header -t -n taxid,kindom,phylum,class,order,family,genus,species taxon.tsv 解释： taxid.li ...; 1018 次阅读|7 个评论

Singularity安装（Linux）: 刘树青 2023-6-11 11:04; 1. 安装依赖( root权限 ) Ubuntu系统： apt-get update -------------------- apt-get install -y \ build-essential \ uuid-dev \ libgpgme-dev \ squashfs-tools \ libseccomp-dev \ wget \ pkg-config \ git \ cryptsetup-bin ...; 1903 次阅读|3 个评论

BLAST（NCBI）序列比对结果解释小记: 刘树青 2023-6-10 13:14; Query Sequence | Subject Sequence B last （见下图） : 1.Gaps 是 Query 和 Sbjct 比对缺失的碱基个数（即比对不一致碱基和一致性碱基之外的碱基） / 比对一致性序列总长 Gap s = 5 / 比对一致性序列总长 ...; 2256 次阅读|1 个评论

seqkit软件用法小记: 刘树青 2023-6-10 10:45; 1. 根据序列长度过滤 seqkit seq -m 1000raw.fasta raw.len1000.fasta seq选项 -m 序列长度筛选（过滤掉低于-m值长度的序列） 2. 每行序列的输出长度 ①为0的话，代表为一整行，默认的输出长度是每行60个碱基 seqkit seq test.fa &nbs ...; 1792 次阅读|2 个评论

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