Query Sequence    |    Subject Sequence

Blast （见下图）:

1. Gaps是Query和Sbjct比对缺失的碱基个数（即比对不一致碱基和一致性碱基之外的碱基） / 比对一致性序列总长

Gaps = 5 / 比对一致性序列总长

2. Identitie（Per.ident）是Query和Sbjct完全比对上的碱基个数 / 比对一致性序列总长

Identitie = 39 / 比对一致性序列总长

3. QueryCover是比对Query的实际长度 / Query实际总长

QueryCover = 57 / Query实际总长

备注：每行长度60

【参考】

BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov)