Linux实用命令

刘洪波 2018-9-30 23:17

1、查看系统访问日志（实时） tail --lines=100 -f /var/log/secure 2、按列合并文件 pastefile1file2 combind.txt 3、按行合并文件 cat file1file2 combind.txt 4、 Linux：使用awk命令获取文本的某一行，某一列 1）、打印文件的第一列(域) ...

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PHP7升级后Mysql报错的解决方案

刘洪波 2018-1-8 06:44

近期GoDaddy莫名其妙的自动升级了PHP版本（5.*7.*），导致Mysql数据库无法连接，这一错误的根源在于原有网页采用了mysql_connect，而PHP7将不再支持该模块，因此需要将网页中的mysql_connect更新为MySQLi或者PDO_MySQL，详情参考：http://php.net/manual/en/function.mysql-connect.php 解决办法：将原代码中的m ...

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基于RNA-seq的重复序列表达定量

刘洪波 2017-8-30 06:12

近期越来越多的研究关注重复序列在表观遗传调控中的作用，特别地，有些研究关注在特殊情况下重复序列表达转录本的情况，因此通过RNA-seq数据进行重复序列基因表达的需求越来越多。有两种方法可以实现这一目的，第一种利用bedtools对重复序列的read数进行count，第二种是基于cuffquant的重复序列表达定量。下面简单介绍两 ...

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转录组数据处理之~~~gtf文件

刘洪波 2017-7-19 00:37

随着测序技术的不断发展，转录组的组装和分析成为生物信息从业者的家常便饭，当然大家也不免会遇到一个被格式化为gtf的文件，关于gtf文件的介绍请移步到http://mblab.wustl.edu/GTF22.html。因此各大基因组数据库均提供了该基因格式的下载，由于Ensembl与ENCODE计划的强强联合，因此在基因Annotation方面具有得天独厚的优 ...

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如何制作BibTex格式的文献列表

热度 1 刘洪波 2016-1-27 11:37

最近在科研在线网站构建自己的 科研小窝 的时候，在导入发表的论文列表时，遇到了一个棘手的问题。该网站提供了三种方式提交，搜索、手动和BibTex格式批量导入。这个网站的搜索功能不敢恭维，输入本人的姓名什么也搜不到，在下又很懒，不想手动输入，于是乎想利用BibTex批量导入。第一次接触这个 ...

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2016年度国家自然科学基金项目指南——尝鲜版

刘洪波 2016-1-16 15:39

又到了一年一季的标书撰写季，有多少科研工作者将在这两个月里熬灯苦读，研究最新的科学进展，提出新的设想，设计详细的实验方案，从而争取未来几年科学基金的支持。这对于从事基础研究，特别是无门无路、小兵小卒的我辈来讲，确实是无比重要的事情。 在撰写标书的开始，最 ...

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生物信息学技术 之 如何进行物种间同源序列分析

刘洪波 2015-11-27 10:22

随着生命科学的发展，人们越来越关注基因或调控元件的物种间保守性，如何获取这些同源序列则成为生物信息学分析的常见内容。现将这方面的经验总结如下，希望对大家有所帮助！ 图文并茂版 ，请下载： Homologous sequence analysis.pdf ——————————————————————————— ...

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UCSC Genome Browser 本地化 on CentOS 7

刘洪波 2015-8-7 14:59

Installing a Browser Mirror on Linux CentOS 7 #环境：CentOS Linux release 7.0.1406 #安装Mysql数据库。 wget http://dev.mysql.com/get/mysql-community-release-el7-5.noarch.rpm rpm -ivh mysql-community-release-el7-5.noarch.rpm yum install mysql-community-server service mysqld restart #新 ...

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计算表观遗传小诗一首

刘洪波 2015-3-17 00:06

森罗万象是表观， 追根溯源系遗传。 计算精研千淘漉， 天道酬勤志更坚。 谨以此诗向计算表观遗传学领域的研究者致敬！

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