Atoms whose VDW radii are separated from the VDW radii of S1 by a minimum of 1.2 Angstroms. gap X center+vdw selct xx, name ca and lig gap 1.2 lig----vdw+1.2 +vdw---------ca 离lig的距离超过 范德化半径之和+1.2 的距离的CA
atom id 和atom rank是不一样的。rank和id是相关的,rank是烙印,不会随着copy / extract/ create/add hydrogen/delete atom/改变而改变,因此可以通过rank 排序保存文件。 id rank ATOM RANK ATOM ID ATOM INDEX