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2020-2-24 22:24
我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 , 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
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win10 子系统ubuntu开启图形界面软件
2018-12-18 10:32
win10 子系统ubuntu开启图形界面软件VMD 使用xmanger 有点卡顿,可能是我配置问题。 推荐使用xming软件。安装并启动xming软件服务,默认端口是localhost:0.0 。 在ubuntu中.bashrc设置export DISPLAY=localhost:0.0 这样就可以打开VMD软件了。 ----------------------------------- cd cd /mnt/d/workvm ...
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高斯Gaussian中的QMMM计算电荷多重度说明
2018-12-17 16:50
从Gview 操作来看, ONIOM 分为2场的时候 这个是对的。 电荷和多重度 对应的是 整个体系/高场体系/高场体系 从手册和 https://gaussian.com/oniom/ 操作来看, ONIOM 分为2场的时候 电荷和多重度 对应的是 整个体系/高场体系/model-low场体系 往往会错误的想当然的认为model-low 就是低场 ...
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VMD 动画制作 videomach
2018-12-17 14:40
VMD 动画制作需要调用外部软件 videomach, 而videomach 是一个商业软件, 下载安装videomach, 然后VMD动画制作过程中指定一次videomach.exe 的路径,就可以了。 建议动画保存为gif 格式的, gif 格式的有点是通过格式,不依赖于系统和软件,但是不支持暂停功能。 保存为mp4格式,需要设置其清晰度。 推 ...
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conda
2018-12-13 17:40
conda 可以快速安装各种科研软件。 2018-12-13 conda install -c electrostatics pdb2pqr conda2py install -c ambermd ambertools 2019-1-4 conda install -c electrostatics pdb2pqr 上述命令突然不能用了,提示 PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current ch ...
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安装VMD的python 模块
2018-12-12 17:32
linux 下安装anaconda 然后用conda 可以安装vmd的模块。 (currently linux-x86_64 only) 该方法目前只适合于64bit的linux . condainstall-chttps://conda.anaconda.org/rbetzvmd-python 安装成功后 pythonana27 import vmd windows 还没有找到合适的方法, 二进制VMD 安装 ...
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高斯 QMMM 选择高层的小技巧
2018-12-11 16:41
gjf 文件一定要保留残基的信息。 Edit-pdb residues 选择感兴趣的残基。掩藏其他残基。这样电脑就不卡了。 ---------------------------------- EDIT-Atom group Editor 选择原子添加到高层中就可以了。
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