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2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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vina中的构象保存为pdb格式

2013-10-9 22:00

背景： 之前有讲过可以通过pymol统计氢键的信息， 由于pymol对pdbqt的支持不好 ADT中的脚本pdbqt_to_pdb.py 只能实现pdbqts_to_pdb的功能 所以我写了个shell脚本，实现pdbqts_to_pdbs功能，用这个脚本前必须配置一些环境变量。 ======================================pdbqts_to_pdbs.sh #!/bin/sh #Function : convert t ...

个人分类: DrugDesign|5892 次阅读|没有评论

在linux随时随地使用MGL当中的脚本

2013-9-27 16:52

首先把pythonsh添加到环境变量中， 在.bashrc中加入 PATH=$PATH:/home/dddc/mg/bin 把脚本添加到环境变量中， PATH=$PATH:/home/dddc/mgl/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24 最后就是要用到的脚本的 第一句话改成 #！/usr/bin/env pythonsh

个人分类: DrugDesign|2611 次阅读|没有评论

借助pymol指定氢键规则自动过滤化合物

热度 1 2013-9-27 15:38

背景：药物虚拟筛选之后，根据构象挑选化合物。 比如晶体结构表明，抑制剂一定会和那几个氨基酸残基发生氢键作用。 我们就可以把这个作为筛选的规则。 借助于脚本可以节省时间，缩小工作量。 说明： 这里提供的是单个大分子和配体的处理， 如果有需要的话，我后面会给出批量处理的脚本。或者自己写个循环。 ...

个人分类: DrugDesign|7405 次阅读|4 个评论 热度 1

sed

2013-9-25 17:07

sed s/31g/311g 1a_clu_10ecd_6311gdp.gjf sed: -e expression #1, char 10: unterminated `s' command 注意不要忘记末尾的 / 斜杠。 sed s/31g/311g / 1a_clu_10ecd_6311gdp.gjf sed更改某一列添加字符 背景： 利用MODELLER软件，同源模建的结果，是没有chain ...

个人分类: DrugDesign|4145 次阅读|没有评论

Pymol 选择指定范围内的氨基酸

2013-9-25 15:14

背景：有些蛋白没有解析出小分子（辅酶），而我们知道小分子在大分子中的位置是保守的。 这时候，我们可以通过叠合（align）操作，来添加小分子辅酶； 这时候通常会出现一些问题，辅酶和一些氨基酸发生碰撞。 你可以通过人眼观察，伤眼。 通过 选择3A 或者 2A 范围内的 氨基酸来确定哪些氨基酸发生碰撞或者距离不合理。 图 ...

个人分类: DrugDesign|28395 次阅读|没有评论

Modeller---对蛋白指定的loop区域进行优化

2013-9-23 20:13

背景：同源模建得到的loop区域不合理的时候，可以进行优化。 method:loop_refine.py input:TvLDH.B99990001.pdb 需要refine的氨基酸：273-283 评价标准：DOPE --------------------------------------------------------------------- loop_refine.py ------------------------------------------------------- ...

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Modeller进阶教程---基于多模板的同源模建

2013-9-23 18:55

multimodes.zip 在操作过程中遇到问题可以联系我： 744891290@qq.com Modeller 进阶教程 基于多模板的同源模建 所用的数据在 multimodel.zip 背景： 在基础教程中，我们利用 1bdmA 进行模建蛋白 TvLDH, 而 1bdmA 有一段 loop 区域（ resi93-100 ）是缺失的，而这段区域对功能来讲很重要。构建出来的模 ...

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MODELLER基础教程---基于单模板的同源模建

2013-9-22 16:52

MODELLER 背景： 我们只有 1 个蛋白的序列，没有其结构。 寻找最好的 pdb 作为模板进行模建 Step1 根据它的序列搜索和它序列相似的有结构的蛋白。 首先构建 modeller 的序列文件 TvLDH.ali 。 P1;TvLDH sequence:TvLDH:::::::0.00: 0.00 MSEAAHVLITGAAGQIGYILSHWIASGELYGDRQVYLHLLDIPPAMNRL ...

个人分类: DrugDesign|19712 次阅读|没有评论

Modeller官方教程---修补蛋白的loop

2013-9-17 10:13

Author: Zhaoqiang Chen @DDDC Email: 744891290@qq.com 背景：解析蛋白晶体结构的时候，有时候会有一段loop区域解析不出来， 这时候可以借助于modeller来修补这段序列。 基于序列产生多个构象（10+）； 然后根据已经知道的一些知识，来选择符合你要求的loop,或者选择不同摆向的loop. ‘’‘ 对于我的 ...

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