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2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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2dsdf转3d的时候保持手性

2014-1-7 21:11

安装chemscript ###########基础知识点########################### WriteFile(file, format=None)Write StructureData or Reaction into a file with file format indicated by *format*. If *format* is not specified, the file extension is used. *format* can be a full mime type, or the second part of a mim ...

个人分类: DrugDesign|4175 次阅读|没有评论

统计配体周围氨基酸的情况

2013-12-28 14:16

这个脚本需要在pymol中使用 #################### from pymol import cmd from pymol import stored #function:count the number of residue around 3,4, 5,A #to improve the accurancy of count,you should make sure the pdb just contain one drug result= #print selectline #cmd.do(remove all !chain a ...

个人分类: DrugDesign|2997 次阅读|没有评论

批量下载pdb

2013-12-28 12:00

不要使用linux的wget命令， 不要使用迅雷的新建url任务来下载，pdb.org 防止下载机器人 建议使用pymol的fetch来下载 http://www.pymolwiki.org/index.php/Fetch fetch下载下来的文件都是小写的字母命名的， 如果要改成大写的，利用linux的tr和mv命令以及rename 命令 for i in $(ls);do newname=$(echo $i|tr ' ...

个人分类: DrugDesign|5806 次阅读|没有评论

如何下载cas已经知道的化合物的结构

2013-12-18 16:11

之前写过一个脚本，通过pubchem来下载分子sdf文件， 由于有些分子pubchem没有收录进去， 下载不到。 我又想到了另一种方法： 首先通过cas号，得到化合物的IUPAC命名 然后借助于chemdraw的一个模块讲化学名转成结构 structure---convert Name to structurel; 当然这里所有的都是可以批量进行的。 一方面 ...

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中药化合物库的下载

2013-11-14 21:37

files.txt 背景：中药有效果是有目共睹的，中药中的化合物是繁多的，已经提示了我们可以多靶标治疗。 从中药中寻找活性化合物，是新药发现的一种手段。 tcmsp网站， http://tcmspnw.com/login_clearSession 作为一个开源网站，可以提供化合物的单个下载。 据说今后也会提供下载包，批量下载的。 现在我和以及以前 ...

个人分类: DrugDesign|6830 次阅读|没有评论

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