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置顶 · 个人新博客
2020-2-24 22:24
我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 , 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
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test GA
2014-4-30 11:49
#!/usr/bin/perl -w #use strict; #多基因的遗传算法 use AI::Genetic; # benz_furan_MMTORSION open FH,benz_furan_mmenergyGA.tab or die can't find the file; my @qmenergies=FH; chomp(@qmenergies); map($_=~s/^\d+\s+//,@qmenergies); # #map($_*=627.5 ...
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rapaquaro的一天内的科学网轨迹
2014-4-29 21:45
基于google搜索引擎搜索rapaquaro一天内去过哪些人的博客,什么时间去的。 然后基于时间描绘出运动轨迹
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perl 遗传算法
2014-4-28 17:06
需要解决的问题是 求 # y=x*sin(10*pi*x)+2 # x-seq(-1,2,0.01) 在x的范围内y的最大值对应的x,精确到4位小数 属于单基因的遗传算法,交叉不能带来新的基因 ################################################################# 生物和计算的交叉,给计算引入了遗传算法 染色体 基因 突 ...
个人分类: 算法|2091 次阅读|没有评论
pymol中小分子的叠合 ligand align,atom align,pair_fit
2014-4-23 13:02
背景: 高斯对小分子采用不同的优化条件(二面角不同11-9-1-7),从log文件中提取分子的构象,由于能量较大,想看看比较小分子构象的差异 叠合前的图片 pair_fit 命令叠合相关原子 PyMOLpair_fit phe_330log////C9+N1+C11+C10, phe_335log////C9+N1+C11+C10 ExecutiveRMS: RMS = 0 ...
个人分类: DrugDesign|9214 次阅读|没有评论
perl hash 的拷贝深拷贝 浅拷贝 deep copy
2014-4-10 16:32
看代码猜测结果 my %hasha; $hasha{1}{'x'}=1; $hasha{1}{'y'}=1; $hasha{1}{'z'}=1; $hasha{2}{'x'}=1; $hasha{2}{'y'}=2; $hasha{2}{'z'}=3; my $num=3; my %hashbak=%hasha; while($num--) { %hashb=%hashbak; print $hashb{2}{' ...
个人分类: DrugDesign|5655 次阅读|1 个评论
分子二面角旋转 公式
2014-3-25 13:49
#最近需要扫描分子的二面角 第一印象,肯定用内坐标解决了。 内坐标有个问题,一定要自己手动写gjf,否则直接改变二面角的度数会出现结构紊乱的现象。 所以最终还是决定采用直角坐标系 ################ Dihe(8-7-4-3)=0 到360度扫描,步长假设是5度。 ###### 我在这里写下伪代码,等程序写完以后贴上所有的代码。 ...
个人分类: DrugDesign|3347 次阅读|没有评论
解释 科学网博客的人气
热度 6 2014-3-22 15:46
我是用脚本刷的人气,写了个脚本模拟HTTP的请求 目前该不良行为 已经停止。
个人分类: 奇技淫巧|4241 次阅读|16 个评论 热度 6
pymol 怎么显示距离 为两位有效数字
2014-3-10 10:32
在量化中测量2个原子的距离,要用两位有效数字,而pymol中默认是显示为1位有效数字。 具体操作,有图教程在附件中。 pymol 怎么显示距离.docx 我就不在这里排版了。
个人分类: DrugDesign|13436 次阅读|没有评论
量化---晶胞扩展的巧妙方法
2014-2-20 16:38
CSD 的一般使用方法 首先用conquest画一些原子和基团,然后设置一些限制比如角度距离 最后搜索 背景:两个分子相互作用的时候,这两个分子来自于剑桥数据库,我们期望通过QM计算后,得到的构型和剑桥数据库中的初始构型一致,但在不加限制的时候,直接计算,得到的构型和初始构型相差很大。 方法: st ...
个人分类: QM|4113 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2021-9-23 02:31

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