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2020-2-24 22:24
我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 , 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
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multiwfn 进行AIM分析
2014-9-10 23:20
背景: 在别人研究卤键的文章中,看到别人进行了AIM分析。 建立关键点。分析关键点的电子密度能量的情况。 前人的研究可以发现从这些参数中可以判断出键的类型,静电为主,还是共价为主。 也可以反应键的强弱。 这里的具体使用规则,以后再详细补充,这里先讲下怎么产生这些参数。 ############################# ...
个人分类: DrugDesign|6908 次阅读|没有评论
multiwfn结合pymol绘制卤素sigma-hole区域
2014-9-3 13:11
背景: 研究卤键肯定要绘制sigma-hole区域,multiwfn是分析表面静电势的好工具。其开发者sob熟悉VMD, 不熟悉PYMOL,所以她的博客中是Multiwfn 和VMD的联用。 精通一个软件的成本还是挺大的,尤其是熟练pymol的情况下,让我操作vmd,总是不愿意。 于是我试了下pymol,发现pymol也是可以绘制sigma-hole区域的。 知道so ...
个人分类: |4916 次阅读|没有评论
怎么分析计算分子静电势表面---σ-hole
2014-9-1 11:04
背景:σ-hole存在于卤素原子X的头部,R-X,x本身带负电,但是其头部由于电子的缺少,会有一个正电荷区域。 描述σ-hole包括Vmax,d以及ω,φ。 首先 setp1 通过gauss优化分子结构,计算频率。(要不要再关键词中指定电荷???) 得到chk文件。formchk xxx.chk,得到fchk文件 step2 利用multiwfn软件, ...
个人分类: DrugDesign|9264 次阅读|没有评论
两台电脑一个网络端口
2014-8-12 09:25
一根网线一根反转线 3个网卡 一台电脑中有两个网卡,一台电脑中有1个网卡。 2个网卡的那台电脑通过,首先通过网线连接端口,可以上网。 然后用反转线连接这2台电脑。 设置反转线连接的两个网卡的ip 192.168.133.1 255.255.255.0 192.168.133.1 另一个网卡的ip 修改iptabels sudo vi /etc/sysconfig ...
个人分类: 系统|1783 次阅读|没有评论
maestro 表格的合并问题
2014-7-23 16:06
由于有些版本不能并行,所以对接的时候 选择前1-5w个化合物对接 再选择前5w-10w的化合物对接 建议大家产生一个总的group。 如果忘记产生,以后分析的时候可以通过ungroup, move to group 进行合并。
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pipeline 把分子的结构保存到excel中
2014-7-22 19:14
电脑里所装excel必须为07,或者03版本,否则得到的excel 传到别人的电脑里看不到图片。
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删除文本末尾的空行
2014-5-28 10:23
对于小文本,直接在vim中处理就可以。 删除空行 :g/^$/d 删除空行以及只有空格的行 :g/^\s*$/d 判断是否为非空行 而不是判断是否为空行 ######input start ############### open FH,sander_energies.tab; my @mmenergies=FH; chomp(@mmenergies); my $end; while(1) { ...
个人分类: 奇技淫巧|4755 次阅读|没有评论
绘制最简单的基因组图
热度 1 2014-4-30 16:41
应同学要求帮忙绘制 一个简单的基因组图(在圆圈中标上基因的其实位置) 刚开始上网查了下,有个软件叫circos非常厉害,perl写的,好呆也用perl3年多了,应该没问题。 但折腾了好长时间,发现karotype文件太复杂,而且自身携带的API 不是基础API。 于是我想用R完成这个基因组图,在R中找到了Rcircos还是用不了。 我了解 ...
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热度 1 2014-4-30 11:50
#!/usr/bin/perl -w #use strict; #多基因的遗传算法 use AI::Genetic; # benz_furan_MMTORSION open FH,benz_furan_mmenergyGA.tab or die can't find the file; my @qmenergies=FH; chomp(@qmenergies); map($_=~s/^\d+\s+//,@qmenergies); # #map($_*=627.5 ...
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GMT+8, 2021-9-21 01:32

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