博文

置顶 · 个人新博客

2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

2723 次阅读|没有评论

ADF能量（能量）分解---输入文件的准备

2014-10-13 15:14

背景： 研究卤键的时候，通过高斯计算了相互作用能，通过AIM分析，卤素和levis键之间存在键关键点 利用adf对卤键进行成分分析 方法： 首先是高斯优化复合物，得到优化后的结构。 然后构建adf的输入文件，包含三部分复合物中片段A，复合物中片段B，复合物 文件格式可能会乱码 直接从附件下载 BrDou1acetoneCOO ...

3858 次阅读|没有评论

pymol 随意移动指定分子

2014-10-11 21:54

Manual superposition of two molecules You can also align to structures using mouse rotation/translation. For this, you need to protect those molecules you don't want to move with (action menu - movement - protect) in the selection menu. Protect one object, deprotect the other, grab the ...

个人分类: DrugDesign|14405 次阅读|没有评论

linux 修改系统时间与同步系统时间

2014-10-9 16:37

背景： 有些试用软件会有时间限制 这时候可以通过修改系统时间来达到重新试用软件的目的。 ########################################################### 方法： 对权限有要求 su进入root用户 然后date -s 2010/10/1 这里s代表setting 年月日也可以是日月年，和年份相连的是月份 date -s 1/10/2010 ...

个人分类: 系统|2591 次阅读|没有评论

pop=NPA pop=NBO pop=NLMO的关系

2014-9-30 14:42

sob的一图胜千言啊 先计算NPA电荷然后计算nbo最后计算NLMO 后者包含了前者的过程

10704 次阅读|没有评论

构效关系分析之相似性计算

2014-9-24 13:53

背景： 得到了一个苗头化合物后，对这个化合物进行衍生，购买大量相似性化合物，进行送样测试 得到活性数据后，一部分化合物是有活性的，另一部化合物是没有活性的。 我希望将有活性的化合物和苗头活性化合物进行相似性比较，重点不是看相似性得分，而是观察结构的差异； 我希望将有没有活性的化合物和苗头活性化合物 ...

个人分类: DrugDesign|3777 次阅读|没有评论

提取高斯log文件中的晗 熵 吉布斯自由能

2014-9-15 11:11

Sum of electronic and thermal Energies 对应的是内能 不是熵 Sum of electronic and thermal Enthalpies 对应的是焓 Sum of electronic and thermal Free Energies 对应的是吉布斯自由能 默认温度是298k 焓的批量提取 grep thermal Enthalpies *.log 吉布斯自由能的批量提取 ...

个人分类: DrugDesign|17296 次阅读|1 个评论

如何批量提取分子的HOMO lumo的值

2014-9-12 10:04

如果需要显示HOMO LUMO 轨道, 电脑中需要同时安装Gaussian 和GView. 背景： 课题中被要求提取HOMO lumo的值 有人说从fchk（chk）中提取，又有人说可以从log中提取。 他们的做法是用gauss view打开fchk文件，或者log文件。 然后右击--》edit--》MOs，没必要选中任何原子，因为homo lumo是针对分子的 ...

个人分类: DrugDesign|7852 次阅读|1 个评论

本页有 3 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏