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置顶 · 个人新博客
2020-2-24 22:24
我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 , 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
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ADF能量(能量)分解---输入文件的准备
2014-10-13 15:14
背景: 研究卤键的时候,通过高斯计算了相互作用能,通过AIM分析,卤素和levis键之间存在键关键点 利用adf对卤键进行成分分析 方法: 首先是高斯优化复合物,得到优化后的结构。 然后构建adf的输入文件,包含三部分复合物中片段A,复合物中片段B,复合物 文件格式可能会乱码 直接从附件下载 BrDou1acetoneCOO ...
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pymol 随意移动指定分子
2014-10-11 21:54
Manual superposition of two molecules You can also align to structures using mouse rotation/translation. For this, you need to protect those molecules you don't want to move with (action menu - movement - protect) in the selection menu. Protect one object, deprotect the other, grab the ...
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linux 修改系统时间与同步系统时间
2014-10-9 16:37
背景: 有些试用软件会有时间限制 这时候可以通过修改系统时间来达到重新试用软件的目的。 ########################################################### 方法: 对权限有要求 su进入root用户 然后date -s 2010/10/1 这里s代表setting 年月日也可以是日月年,和年份相连的是月份 date -s 1/10/2010 ...
个人分类: 系统|1930 次阅读|没有评论
pop=NPA pop=NBO pop=NLMO的关系
2014-9-30 14:42
sob的一图胜千言啊 先计算NPA电荷然后计算nbo最后计算NLMO 后者包含了前者的过程
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构效关系分析之相似性计算
2014-9-24 13:53
背景: 得到了一个苗头化合物后,对这个化合物进行衍生,购买大量相似性化合物,进行送样测试 得到活性数据后,一部分化合物是有活性的,另一部化合物是没有活性的。 我希望将有活性的化合物和苗头活性化合物进行相似性比较,重点不是看相似性得分,而是观察结构的差异; 我希望将有没有活性的化合物和苗头活性化合物 ...
个人分类: DrugDesign|2911 次阅读|没有评论
提取高斯log文件中的晗 熵 吉布斯自由能
2014-9-15 11:11
Sum of electronic and thermal Energies 对应的是内能 不是熵 Sum of electronic and thermal Enthalpies 对应的是焓 Sum of electronic and thermal Free Energies 对应的是吉布斯自由能 默认温度是298k 焓的批量提取 grep thermal Enthalpies *.log 吉布斯自由能的批量提取 ...
个人分类: DrugDesign|11939 次阅读|1 个评论
如何批量提取分子的HOMO lumo的值
2014-9-12 10:04
如果需要显示HOMO LUMO 轨道, 电脑中需要同时安装Gaussian 和GView. 背景: 课题中被要求提取HOMO lumo的值 有人说从fchk(chk)中提取,又有人说可以从log中提取。 他们的做法是用gauss view打开fchk文件,或者log文件。 然后右击--》edit--》MOs,没必要选中任何原子,因为homo lumo是针对分子的 ...
个人分类: DrugDesign|4928 次阅读|1 个评论

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GMT+8, 2021-9-25 17:44

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