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2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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gnuplot 中的希腊字母的表示方法

2015-3-14 18:27

GNU-plot 中的希腊字母 语法： {/symbol De} 结果： Δε ALPHABET SYMBOL ALPHABET SYMBOL alphabet symbol alphabet symbol A Alpha N Nu a alpha n nu B Beta ...

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如何计算rmsd

热度 1 2015-3-8 18:38

计算rmsd分为2种，一种是直接计算，另一种是先叠合再计算。 强烈推荐使用schrodinger中superposition。 不推荐使用pymol的align以及rms以及rms_cur计算。 参考 http://www.schrodinger.com/kb/1532 ...

个人分类: DrugDesign|24509 次阅读|1 个评论 热度 1

ligprep 保持晶体中的小分子构象

2015-3-8 11:58

ligprep的命令组成 ligprep -nz -epik -W e,-ph,7.0,-pht,2.0 -s 32 -r 1 -bff 14 -imae ligtest_subjob_1.mae -omae ligtest-out_subjob_1.maegz 结论：要保持构象，需要在命令行中执行的时候添加-nc参数，最后选择stout.maegz后缀的文件就可以了。图形界面无法设置-nc参数 ligprep -nc -nz -epik ...

个人分类: DrugDesign|4872 次阅读|没有评论

解决schrodinger中不识别pdb中原子

2015-3-8 10:34

从pdb中抠出来的pdb小分子 在schrodinger中不识别。 先把它export成sdf， 然后导入sdf，检查原子类型就可以了。

个人分类: DrugDesign|2480 次阅读|没有评论

ligprep失败的原因分析

2015-3-6 18:54

避免失败的最好方法，是找出失败的原因。 找出失败原因最好的方法是查看log文件， 直接定位error -------------------------------- ligprep running: premin OK structures in: ttt-out_subjob_1_prout.maegz problematic structures in: ttt-out_subjob_1_prout_bad.maegz premin -lic ...

个人分类: DrugDesign|4414 次阅读|没有评论

glide box的认识

2015-3-6 14:07

GLIDE中的box是双box模型。 如果希望小分子在定义的口袋中到处乱跑，除了把box设置大了，还需要设置INNEBOX, INNERBOX 限定了小分子的中心只能落在INNERBOX,默认是10,10,10。 OUTTERBOX 限制了小分子只能在这个盒子里面 在图形界面的Advance setting中 另外需要注意的是 图形界面中设置的口袋只能是正方体 ...

个人分类: DrugDesign|2081 次阅读|没有评论

g09 赝势基组 aug-cc-pvdz-pp

2015-3-5 16:36

hairan (站内联系TA) Gaussian软件自带了cc-pVDZ但是没有自带cc-pVDZ-PP基组及其赝势。 你需要自己去网上下载基组的具体形式，然后粘贴到输入文件的结尾。 我常去EMSL网站下载： https://bse.pnl.gov/bse/portal 另外，对于赝势基组，最好使用基组发表时对应的赝势。 你在例子中对Hg要使用cc-pVDZ-PP基组，但你 ...

个人分类: QM|10494 次阅读|1 个评论

ChelpG原子电荷的计算

2015-3-2 22:15

K以后的元素，计算Chelpg电荷的时候，需要定义原子半径，具体可以参看 Rowland R. S.; Taylor R. J. Phys. Chem., 1996, 100, 7384 也可以用其他人的半径 原子的范德华半径.pdf ， gjf文件的格式如下 来自小木虫 %chk=E:CoCNgasCoCN.chk &n ...

个人分类: DrugDesign|4945 次阅读|没有评论

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