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- 置顶 · 个人新博客
- 我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
- PYMOLWIKI GAP SELECT
- Atoms whose VDW radii are separated from the VDW radii of S1 by a minimum of 1.2 Angstroms. gap X center+vdw selct xx, name ca and lig gap 1.2 lig----vdw+1.2 +vdw---------ca 离lig的距离超过 范德化半径之和+1.2 的距离的CA
- SCHRODINGER ——SUPERPOSITION同蛋白-不同晶体结构差异性比
- 解析蛋白晶体结构，为了获得稳定的蛋白结构。往往需要突变，以稳定蛋白结构。 可以通过consensus view,来观察序列的差异。 为了进一步定量计算其差异性，我们计算3组RMSD • 1. 整体叠合，整体 RMSD • 2. 整体叠合，口袋 RMSD • 3. 口袋叠合，口袋 RMSD --------- ...
- SCHRODINGER ——SUPERPOSITION同蛋白-不同晶体结构差异性比
- 解析蛋白晶体结构，为了获得稳定的蛋白结构。往往需要突变，以稳定蛋白结构。 可以通过consensus view,来观察序列的差异。 为了进一步定量计算其差异性，我们计算3组RMSD • 1. 整体叠合，整体 RMSD • 2. 整体叠合，口袋 RMSD • 3. 口袋叠合，口袋 RMSD --------- ...
- 从PDB数据库中下载配体中含苯环结构的复合物
- Step1. 通过advance serarch 中的Smiles search找到所有该条件的配体编号。 注意得到PDB是复合物中含苯环的，大分子含苯环就满足条件。所以不可用。 Step2 通过advance search中的lig ids search 填写step1中的编号找到所有满足条件的PDB编号，就可以了。 ----------------------- 一步成功法： Thank you for ...
- 批量下载PDB LIGAND
- pdb网站自带下载器， 具体教程如下： https://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=help/viewers/downloadHelp.html download_rcsb.jnlp是一个独立的程序，双击就可以运行。里面包含了需要下载pdb的参数， 这样写下来有个问题就是，参数的最大个数有限制。因此需要自己分割参数，产生多个jnlp文件就可以了。 最多一 ...
- SMARTS的使用
- SMARTS好比于语言的正则表达式，能够快速定位要找的片段。 DayLight中应该是最完善的SMARTS，但是Pybel中有些规则是没有实现的。OpenEye又不是开源的。 ---------PYBEL已有功能-------------------- 1.逻辑语法，逗号代表OR。分号代表AND。 --------------pybel没有 或者没有发现的功能-- ...
- PDB atom id rank INDEX
- atom id 和atom rank是不一样的。rank和id是相关的，rank是烙印，不会随着copy / extract/ create/add hydrogen/delete atom/改变而改变，因此可以通过rank 排序保存文件。 id rank ATOM RANK ATOM ID ATOM INDEX
- SMARTS SMILES SMIRKS MACCS keys ； rdkit pybel 比较
- pybel 中不支持隐式氢 rdkit 输入文件格式有限，不支持xyz格式。 ----------example
- linux python 报错 bus error core dumped
- df -lh 查看磁盘使用情况，是否是磁盘使用满了。 ------------- 如果磁盘满了，删除一些相应磁盘上的文件就可以了。
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