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置顶 · 个人新博客

2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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pymol 保存 导出 序列

2018-7-23 20:41

pymol 可通过如下命令保存 导出 氨基酸序列 save obj01.fasta,obj01

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pymol 加载 读取 多个pse文件

2018-7-21 13:59

新版本的PYMOL2 中可以同时载入多个pse文件，

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pymol 显示蛋白不连续

2018-6-27 11:39

加力动力学采样后获得的轨迹，在pymol中可能会出现不连续的情况； 将其在schrodinger中打开，然后到 pymol 就可以显示正常。 ASP0-19是后来增加的loop; 断开之处的距离是在共价半径之类，但是并没有自动连接在一起；Pymol中的显示不仅仅是由坐标决定的。 updateResi.zip 氨基酸编号，重新显 ...

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wget

2018-6-20 13:59

Rosetta 二进制文件有12G，该网站提供极速下载服务，速度达到6M/s; 从win 传到服务器 速度只有30kb/s .不知道是不是因为大文件的限制，导致速度变慢。 间接解决办法直接在服务器上wget下载该文件。 wget https://www.rosettacommons.org/downloads/academic/3.9/rosetta_bin_linux_3.9_bundle.tgz --http-u ...

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excel 转 导出csv，修改默认分隔符

2018-6-4 17:16

如果excel的单元格含有逗号，导出csv 不方便处理。 修改分隔符

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标准氨基酸和质子化氨基酸 三字母 单字母 对应表

2018-6-1 09:31

|中文名称|英文名称|三字母符号|单字母符号| 丙氨酸 Alanine A Ala 苯丙氨酸 Phenylalanine F Phe 半胱氨酸 Cysteine C Cys ...

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color by obj auto pymol 命令行

2018-5-14 17:04

先上结果 from pymol import util util.color_objs( all ) 再上分析 modules/pymol/menu.py def color_auto(self_cmd, sele): return , , , &nbs ...

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