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置顶 · 个人新博客
2020-2-24 22:24
我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 , 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
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中药化合物库的下载
陈照强 2013-11-14 21:37
files.txt 背景:中药有效果是有目共睹的,中药中的化合物是繁多的,已经提示了我们可以多靶标治疗。 从中药中寻找活性化合物,是新药发现的一种手段。 tcmsp网站, http://tcmspnw.com/login_clearSession 作为一个开源网站,可以提供化合物的单个下载。 据说今后也会提供下载包,批量下载的。 现在我和以及以前 ...
个人分类: DrugDesign|5456 次阅读|没有评论
sybyl中小分子的能量优化
陈照强 2013-11-13 09:41
背景:chemdraw画的2d分子(带有手型信息),通过chem3D转成3D的mol2结构不够舒展(原子和原子的距离太近),再配体准备之前,可以先优化下。 minimize_energy.spl 方法:在linux系统下使用sybyl mol2的分子放在一个新建的文件夹如rawmol2 把附件中的spl文件也存放到rawmol2文件夹中 然后再这个rawmol2文件夹下再新 ...
个人分类: DrugDesign|5785 次阅读|没有评论
借助chemdraw批量把cdx转成3dmol2格式
陈照强 2013-11-8 21:00
chem3d.pl 背景: http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=950202do=blogid=739794 由于openbabel不能把2d的sdf转成3d的SDF,同时保持构型 由于chemdraw,chem3d又属于商业软件,貌似没有提供API, 如果您知道chemdraw的API,请与我联系 744891290@qq.com 可能corina也能转3d且保持构型,由 ...
个人分类: DrugDesign|7430 次阅读|没有评论
maestro中小分子手性识别的问题
陈照强 2013-11-7 13:19
背景:在小分子质子化准备的过程中,我们希望保持小分子的自身的RS构型。 在chemdraw中的小分子,我们可以保存为2D的sdf,并在2D的sdf信息中记录构型的信息。 但是maestro是不能识别2D中的RS构型的。 • Maestro 中的 glide 不能保持 2D 的手性 • 80 多个天然产物结构经过 maestro ...
个人分类: DrugDesign|4319 次阅读|1 个评论
化合物在国内可否买到的
陈照强 2013-10-30 19:58
背景: 所筛选的小分子库不是商业库,筛完药以后,我们会得到打分比较靠前的化合物,这时候我们需要想办法购买。 chemical book上面有供应商的信息,是根据cas号查询的。 利用chemical book网站,化合物的cas号以及perl,告诉你那些化合物是买的到的。 脚本puravailable.pl puravailable.pl : ================= ...
个人分类: DrugDesign|2529 次阅读|没有评论
vina怎么高通量筛选(参数,速度,精度)
陈照强 2013-10-26 09:54
savedirs.sh 附件: savedirs.sh 脚本功能:把文件夹下的文件保存到各个文件夹下 比如我的文件夹有30w个分子,我想每1w个分子放到1个文件夹下,就可以借助它来实现。 背景: 如果对接1w个分子,你不关注cpu以及exhaustiveness的设置,多进程的原理,你可以在一周内完成对接任务。 而如果你要对 ...
个人分类: DrugDesign|3279 次阅读|没有评论
autodock的受体的pdbqt格式
陈照强 2013-10-25 20:01
1pdbqt格式中包含的仅仅是坐标信息,电荷信息,以及autodock的原子类型的信息 没有连通信息, 也就是说没有键的信息 原子类型暗含了键的信息 如果两个原子的距离大于共价键的距离,在adt,或者pymol就会出现断开的现象 只有保证原子类型正确就可以对接 2autodock的受体原子类型, The pdbqt format is 'pdb&# ...
个人分类: DrugDesign|7261 次阅读|没有评论
pdb文件的分割脚本splitpdbs.pl
陈照强 2013-10-10 17:03
splitpdbs.pl 背景: vina结果构想文件是多个pdbqt,之前把它转成pdb格式的时候没有进行分隔, 而之前的统计氢键信息的脚本不能处理 多状态的pdb文件 所以写了一个分割pdb脚本 ============================================================== #!/usr/bin/perl -w use strict; #author: chen zhaoqiang #usage: ...
个人分类: DrugDesign|2638 次阅读|没有评论
vina中的构象保存为pdb格式
陈照强 2013-10-9 22:00
背景: 之前有讲过可以通过pymol统计氢键的信息, 由于pymol对pdbqt的支持不好 ADT中的脚本pdbqt_to_pdb.py 只能实现pdbqts_to_pdb的功能 所以我写了个shell脚本,实现pdbqts_to_pdbs功能,用这个脚本前必须配置一些环境变量。 ======================================pdbqts_to_pdbs.sh #!/bin/sh #Function : convert t ...
个人分类: DrugDesign|4503 次阅读|没有评论

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