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置顶 · 个人新博客
2020-2-24 22:24
我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 , 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
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怎么分析计算分子静电势表面---σ-hole
陈照强 2014-9-1 11:04
背景:σ-hole存在于卤素原子X的头部,R-X,x本身带负电,但是其头部由于电子的缺少,会有一个正电荷区域。 描述σ-hole包括Vmax,d以及ω,φ。 首先 setp1 通过gauss优化分子结构,计算频率。(要不要再关键词中指定电荷???) 得到chk文件。formchk xxx.chk,得到fchk文件 step2 利用multiwfn软件, ...
个人分类: DrugDesign|9274 次阅读|没有评论
pymol中小分子的叠合 ligand align,atom align,pair_fit
陈照强 2014-4-23 13:02
背景: 高斯对小分子采用不同的优化条件(二面角不同11-9-1-7),从log文件中提取分子的构象,由于能量较大,想看看比较小分子构象的差异 叠合前的图片 pair_fit 命令叠合相关原子 PyMOLpair_fit phe_330log////C9+N1+C11+C10, phe_335log////C9+N1+C11+C10 ExecutiveRMS: RMS = 0 ...
个人分类: DrugDesign|9224 次阅读|没有评论
perl hash 的拷贝深拷贝 浅拷贝 deep copy
陈照强 2014-4-10 16:32
看代码猜测结果 my %hasha; $hasha{1}{'x'}=1; $hasha{1}{'y'}=1; $hasha{1}{'z'}=1; $hasha{2}{'x'}=1; $hasha{2}{'y'}=2; $hasha{2}{'z'}=3; my $num=3; my %hashbak=%hasha; while($num--) { %hashb=%hashbak; print $hashb{2}{' ...
个人分类: DrugDesign|5657 次阅读|1 个评论
分子二面角旋转 公式
陈照强 2014-3-25 13:49
#最近需要扫描分子的二面角 第一印象,肯定用内坐标解决了。 内坐标有个问题,一定要自己手动写gjf,否则直接改变二面角的度数会出现结构紊乱的现象。 所以最终还是决定采用直角坐标系 ################ Dihe(8-7-4-3)=0 到360度扫描,步长假设是5度。 ###### 我在这里写下伪代码,等程序写完以后贴上所有的代码。 ...
个人分类: DrugDesign|3351 次阅读|没有评论
pymol 怎么显示距离 为两位有效数字
陈照强 2014-3-10 10:32
在量化中测量2个原子的距离,要用两位有效数字,而pymol中默认是显示为1位有效数字。 具体操作,有图教程在附件中。 pymol 怎么显示距离.docx 我就不在这里排版了。
个人分类: DrugDesign|13443 次阅读|没有评论
2dsdf转3d的时候保持手性
陈照强 2014-1-7 21:11
安装chemscript ###########基础知识点########################### WriteFile(file, format=None)Write StructureData or Reaction into a file with file format indicated by *format*. If *format* is not specified, the file extension is used. *format* can be a full mime type, or the second part of a mim ...
个人分类: DrugDesign|3192 次阅读|没有评论
统计配体周围氨基酸的情况
陈照强 2013-12-28 14:16
这个脚本需要在pymol中使用 #################### from pymol import cmd from pymol import stored #function:count the number of residue around 3,4, 5,A #to improve the accurancy of count,you should make sure the pdb just contain one drug result= #print selectline #cmd.do(remove all !chain a ...
个人分类: DrugDesign|2240 次阅读|没有评论
批量下载pdb
陈照强 2013-12-28 12:00
不要使用linux的wget命令, 不要使用迅雷的新建url任务来下载,pdb.org 防止下载机器人 建议使用pymol的fetch来下载 http://www.pymolwiki.org/index.php/Fetch fetch下载下来的文件都是小写的字母命名的, 如果要改成大写的,利用linux的tr和mv命令以及rename 命令 for i in $(ls);do newname=$(echo $i|tr ' ...
个人分类: DrugDesign|4097 次阅读|没有评论

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