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置顶 · 个人新博客
2020-2-24 22:24
我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 , 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
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软件正常安装运行的时候出现segmentation fault的解决方案
陈照强 2014-11-6 19:09
背景 在有些机器上可以正常安装autodock,然后正常运行 有些机器可以正常安装,但是不能正常运行, 运行的时候报这个错segmentation fault 解决办法 在Linux下写程序的时候,如果程序比较大,经常会遇到“段错误”(segmentation fault)这样的问题,这主要就是由于Linux系统初始的堆栈大小(stack size)太小的缘故 ...
个人分类: DrugDesign|2767 次阅读|没有评论
pymol中python脚本运行方法 run 和@的区别
陈照强 2014-10-22 09:32
run xxx.py #和普通python的运行一样的 just run the usually python script run 是新的,不要在用@
个人分类: DrugDesign|4319 次阅读|没有评论
adf out文件中的能量解读
陈照强 2014-10-13 15:47
beefly在emuch上发布一个帖子 http://emuch.net/html/201105/3149273.html 担心内容,就copy一份过来 ADF的能量分解类似于Morokuma的能量分解。后者应用范围很窄,只适用于闭壳层体系的Hartree-Fock计算,而前者可用于ADF中的各种RDFT和UDFT,甚至还能考虑旋轨耦合。 这个能量分解算例是以前做练习用的,今天偶然从 ...
个人分类: DrugDesign|2466 次阅读|没有评论
pymol 随意移动指定分子
陈照强 2014-10-11 21:54
Manual superposition of two molecules You can also align to structures using mouse rotation/translation. For this, you need to protect those molecules you don't want to move with (action menu - movement - protect) in the selection menu. Protect one object, deprotect the other, grab the ...
个人分类: DrugDesign|9852 次阅读|没有评论
构效关系分析之相似性计算
陈照强 2014-9-24 13:53
背景: 得到了一个苗头化合物后,对这个化合物进行衍生,购买大量相似性化合物,进行送样测试 得到活性数据后,一部分化合物是有活性的,另一部化合物是没有活性的。 我希望将有活性的化合物和苗头活性化合物进行相似性比较,重点不是看相似性得分,而是观察结构的差异; 我希望将有没有活性的化合物和苗头活性化合物 ...
个人分类: DrugDesign|2915 次阅读|没有评论
提取高斯log文件中的晗 熵 吉布斯自由能
陈照强 2014-9-15 11:11
Sum of electronic and thermal Energies 对应的是内能 不是熵 Sum of electronic and thermal Enthalpies 对应的是焓 Sum of electronic and thermal Free Energies 对应的是吉布斯自由能 默认温度是298k 焓的批量提取 grep thermal Enthalpies *.log 吉布斯自由能的批量提取 ...
个人分类: DrugDesign|11957 次阅读|1 个评论
如何批量提取分子的HOMO lumo的值
陈照强 2014-9-12 10:04
如果需要显示HOMO LUMO 轨道, 电脑中需要同时安装Gaussian 和GView. 背景: 课题中被要求提取HOMO lumo的值 有人说从fchk(chk)中提取,又有人说可以从log中提取。 他们的做法是用gauss view打开fchk文件,或者log文件。 然后右击--》edit--》MOs,没必要选中任何原子,因为homo lumo是针对分子的 ...
个人分类: DrugDesign|4947 次阅读|1 个评论
multiwfn 进行AIM分析
陈照强 2014-9-10 23:20
背景: 在别人研究卤键的文章中,看到别人进行了AIM分析。 建立关键点。分析关键点的电子密度能量的情况。 前人的研究可以发现从这些参数中可以判断出键的类型,静电为主,还是共价为主。 也可以反应键的强弱。 这里的具体使用规则,以后再详细补充,这里先讲下怎么产生这些参数。 ############################# ...
个人分类: DrugDesign|6933 次阅读|没有评论

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