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置顶 · 个人新博客
2020-2-24 22:24
我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 , 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
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sdf格式的认识
陈照强 2014-12-30 20:10
sdf格式的认识 第一行一般作为分子名字,有时候会是空行,建议作为分子名字 第二行是注释 第三行一般是空行 第4行是原子个数 键的个数等 ##################### Acceptor 2 Donor 1 SaltData $$$$ ########## SaltData只有一个空格 这里只有一 ...
个人分类: DrugDesign|5824 次阅读|没有评论
gauss如何计算NMR数据
陈照强 2014-12-26 12:44
step1 优化结构 (opt freq 基组 方法 ) step2 提取优化后的结构添加关键词# nmr=(giao,spinspin) step3 在高斯view中打开log文件,点击 results--》NMR 然后我们可以在Element中选则C H O all 在reference中默认只有这4个选项 TMS B3LYP/6-311+G(2d.p) CH4 HF/6-31G(D) CH4 HF/6-31G(D) NONE 如果 ...
个人分类: DrugDesign|9642 次阅读|没有评论
互变异构和电荷的变化
陈照强 2014-12-20 19:02
计算模拟中,Glide 是为数不多考虑互变异构的软件。 互变异构,一般看来就是双键的转移,H 原子的的转移。更本质上是原子电荷的变化,原子类型的变化(sp2,sp3)。 ############################################################# 选择一个具有互变异构特性的分子,利用schrodinger中的ligprep(为了方便比较不考虑 ...
个人分类: DrugDesign|2414 次阅读|没有评论
win32::GUI的简单认识
陈照强 2014-12-3 16:43
代码的框架: 一个main函数实现界面的布局, 子函数变成pm文件, ################################################## win32::gui的评价 使用起来非常简单, 如果可选项中没有的功能,实现起来就比较复杂。 运行的时候会有各种bug出现要不停的修复,好烦的。 也可能是第一次写GUI。 ##################### ...
个人分类: DrugDesign|4879 次阅读|没有评论
pymol提取pdb小分子的注意事项
陈照强 2014-11-23 18:28
在pymol中打开晶体复合物, 然后选中小分子,file---》save molecule--》sele--》ligand.pdb 用文本打开发现里面是有connect的信息的, 仔细一看,会发现这些connect是错误的,出现好多4键的情况。 但是在pymol中可以正常显示这些分子中的苯环,set valence,1 pymol可能会自动添加键的信息。 在maestro中 ...
个人分类: DrugDesign|10192 次阅读|没有评论
化合物的手性如何存储在文本中
热度 2 陈照强 2014-11-13 16:54
在谈化合物的手性的时候, 先谈谈chirality和parity的区别 chirality是化学中所说的手性 parity翻译为宇称,新规则下的手性 Parity is a general type of specification of chirality. 计算机中对手性原子的重新定义。 parity和chirality都和顺时针逆时针有关 顺时针parity的值为1,逆时针值为2,非手性碳为0,手性 ...
个人分类: DrugDesign|3575 次阅读|11 个评论 热度 2
Pymol函数cmd.load_cgo中的第3个参数的说明
陈照强 2014-11-8 18:41
http://www.liv.ac.uk/~afcalder/apt3.html ############ cmd.load_cgo(obj,'segment', 1) Additional states can be appended quite simply like this. Note how thewireframe 'box' is recalled without having to restate the same vertexcoordinates and that the object name 'at ...
个人分类: DrugDesign|2225 次阅读|没有评论

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