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2020-2-24 22:24

我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/

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linux 安装PIP，出现SSLerror

陈照强 2016-11-8 10:36

python get-pip.py sslERROR; 重新源码编译安装python，就可以解决这个问题。 tar zxvf Python-2.7.9.tgz cd Python-2.7.9 ./configure --prefix=/home/my/python2.7 --enable-unicode=ucs4 make make install 安装好了以后添加到path中，同时修改别名python27，避免冲突

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CCDC数据库及API的使用

陈照强 2016-11-7 14:38

https://downloads.ccdc.cam.ac.uk/documentation/API/installation_notes.html#windows 安装简单流程。 1. 安装python 2. 安装csds 3. 使用pip命令安装csd-python-api.zip 注意事项就是需要先安装微软的vcforpython,以及来自uci的轮子库lxml。 4. 解压csd-python-api.zip，在test文件夹中运行run_tests.b ...

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Pymol代码分析：cmd.save 的分析

陈照强 2016-9-7 17:01

from pymol import cmd cmd.save('1.pdb','objcetname') 从这我们可以知道pymol 是一个包，cmd 是一个模块 我们在PyMol/modules文件夹下能找到pymol的包，在pymol 包中能找到cmd.py的模块， 当我们直接在save.py 文件中直接搜save的定义的时候没有找到，则save一定是从其他文件中导入进来的，我们 搜 ...

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pymol 中的各种object

陈照强 2016-9-7 11:17

pymol 中的object 有多种类型，这些类型各有特点。 共同特点应该是有坐标的。 这些类型如何相互转换？ The object types are strings such as object:molecule object:map object:mesh object:slice object:surface object:measurement object:cgo object:group object:volume ...

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pymol CGO object 继承color command

陈照强 2016-9-1 08:59

在创建object的时候，不设置COLOR 选项即可。 如何让CGO 中的sphere 具有cmd.distance的功能，继续探索中。 #! python2 pymol #coding: utf-8 from pymol.cgo import * from pymol import cmd COLOR_dict={} COLOR_dict = COLOR_dict = COLOR_dict = COLOR_dict = RADIUS=0.3 def showpointcgo(points,name, ...

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各种电荷的计算方法和软件

陈照强 2016-7-17 14:32

首先推荐用multiwfn可以计算多种电荷， 载入fchk文件，然后选择7 population analysis布局分析. 可以计算Hishfeld ADCH MK 等电荷 其中chelpg 电荷，不能自定义原子的范德华半径，使用需要注意，推荐使用高斯内置的方法只算chelpg电荷 chlepg 电荷计算如下。 http://blog.sciencenet.cn/blog-950202-871384.ht ...

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BSSE

陈照强 2016-3-22 11:08

来自 http://sobereva.com/46 ···· BSSE（Basis Set Superposition Error） 误差产生的原因： 基函数的重叠 另一方面来自于 A、B分子的基函数 在复合物体系中重叠，相当于增大了复合物的基组而使E(AB)能量降低（严格来说前提是所用的理论方法是基于变分原理的），这个部分贡献如果也掺入E_interaction，则高估 ...

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晶体结构电子云 翻转现象

热度 2 陈照强 2015-12-11 15:45

CONH是可以翻转的，（O的电子云和NH2的电子云是相似的，无法区分） HIS 的五元环也是可以翻转的（HIS 环中电子共轭，也是无法区分C和N的电子云的）

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利用multiwfn批量获取wiberg bond order信息

陈照强 2015-11-7 11:16

multiwfn获取wiberg bond order信息，非常简单。 step1 读入fchk文件 step2 9 //命令9 step3 3 //命令3 ----------------------------- wiberg bond index: 键的强度越强（键长越短），wiber bond index 越大。反应强度的一个指数。 ------------------------------- 批 ...

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