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- 置顶 · 个人新博客
- 我的新博客主要用于 分享药物设计软件的使用技巧 和 一些 编程知识。 欢迎大家 访问我的 新博客 ， 和我互动交流。 http://blog.chenzhaoqiang.com/
- 中药化合物库的下载
- files.txt 背景：中药有效果是有目共睹的，中药中的化合物是繁多的，已经提示了我们可以多靶标治疗。 从中药中寻找活性化合物，是新药发现的一种手段。 tcmsp网站， http://tcmspnw.com/login_clearSession 作为一个开源网站，可以提供化合物的单个下载。 据说今后也会提供下载包，批量下载的。 现在我和以及以前 ...
- sybyl中小分子的能量优化
- 背景：chemdraw画的2d分子（带有手型信息），通过chem3D转成3D的mol2结构不够舒展（原子和原子的距离太近），再配体准备之前，可以先优化下。 minimize_energy.spl 方法：在linux系统下使用sybyl mol2的分子放在一个新建的文件夹如rawmol2 把附件中的spl文件也存放到rawmol2文件夹中 然后再这个rawmol2文件夹下再新 ...
- 借助chemdraw批量把cdx转成3dmol2格式
- chem3d.pl 背景： http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=950202do=blogid=739794 由于openbabel不能把2d的sdf转成3d的SDF，同时保持构型 由于chemdraw，chem3d又属于商业软件，貌似没有提供API， 如果您知道chemdraw的API，请与我联系 744891290@qq.com 可能corina也能转3d且保持构型，由 ...
- maestro中小分子手性识别的问题
- 背景：在小分子质子化准备的过程中，我们希望保持小分子的自身的RS构型。 在chemdraw中的小分子，我们可以保存为2D的sdf，并在2D的sdf信息中记录构型的信息。 但是maestro是不能识别2D中的RS构型的。 • Maestro 中的 glide 不能保持 2D 的手性 • 80 多个天然产物结构经过 maestro ...
- 化合物在国内可否买到的
- 背景： 所筛选的小分子库不是商业库，筛完药以后，我们会得到打分比较靠前的化合物，这时候我们需要想办法购买。 chemical book上面有供应商的信息，是根据cas号查询的。 利用chemical book网站，化合物的cas号以及perl，告诉你那些化合物是买的到的。 脚本puravailable.pl puravailable.pl ： ================= ...
- vina怎么高通量筛选（参数，速度，精度）
- savedirs.sh 附件： savedirs.sh 脚本功能：把文件夹下的文件保存到各个文件夹下 比如我的文件夹有30w个分子，我想每1w个分子放到1个文件夹下，就可以借助它来实现。 背景： 如果对接1w个分子，你不关注cpu以及exhaustiveness的设置，多进程的原理，你可以在一周内完成对接任务。 而如果你要对 ...
- autodock的受体的pdbqt格式
- 1pdbqt格式中包含的仅仅是坐标信息，电荷信息，以及autodock的原子类型的信息 没有连通信息， 也就是说没有键的信息 原子类型暗含了键的信息 如果两个原子的距离大于共价键的距离，在adt，或者pymol就会出现断开的现象 只有保证原子类型正确就可以对接 2autodock的受体原子类型， The pdbqt format is 'pdb&# ...
- pdb文件的分割脚本splitpdbs.pl
- splitpdbs.pl 背景： vina结果构想文件是多个pdbqt，之前把它转成pdb格式的时候没有进行分隔， 而之前的统计氢键信息的脚本不能处理 多状态的pdb文件 所以写了一个分割pdb脚本 ============================================================== #!/usr/bin/perl -w use strict; #author: chen zhaoqiang #usage: ...
- vina中的构象保存为pdb格式
- 背景： 之前有讲过可以通过pymol统计氢键的信息， 由于pymol对pdbqt的支持不好 ADT中的脚本pdbqt_to_pdb.py 只能实现pdbqts_to_pdb的功能 所以我写了个shell脚本，实现pdbqts_to_pdbs功能，用这个脚本前必须配置一些环境变量。 ======================================pdbqts_to_pdbs.sh #!/bin/sh #Function : convert t ...
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