首先需要理解这个关键词TRIANGLE_STRIP,

http://blog.csdn.net/xiajun07061225/article/details/7455283

http://game.ceeger.com/Script/GL/GL.TRIANGLE_STRIP.html

通过4个点来定义三角形带，来创建4个点的平面。

4个点的顺序是BACD,这样就能定义出上面的3角型条带。

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在autodock，autodock vina等对接的时候口袋的定义是立方体

通过定义立方体的中心，以及边长来定义的。

我们希望在pymol中表示口袋的时候除了表示位置大小还可以自定义颜色，以及透明度

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gridbox.py  

gridbox.py

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# Copyright (c) 2014 Chen Zhaoqiang DDDC SIMM
#qq 744891290 qqgroup 144539789
# A PyMOL script for drawing a CGO box by the coordinate of the center,and the size of box
#center_x,center_y,center_z,size_x,size_y,size_z,



import pymol
from pymol import cmd
from pymol.wizard import Wizard
from chempy import cpv
from pymol.cgo import *

def gridbox(center_x,center_y,center_z,size_x,size_y,size_z,name="gridbox",r1=0,g1=0,b1=1,trasp=0.2):
   """
   DESCRIPTION
   Create a box from the center coordinate of the box and the size of box
   
   USAGE
   run gridbox.py
   1the simplest
   gridbox center_x,center_y,center_z,size_x,size_y,size_z
   2rename the box object
   gridbox center_x,center_y,center_z,size_x,size_y,size_z,name,
   3set the color of the box object
   gridbox center_x,center_y,center_z,size_x,size_y,size_z,name,r1,g1,b1
   4set the trasp of the box
   gridbox center_x,center_y,center_z,size_x,size_y,size_z,name,r1,g1,b1,trasp
   
   ps:the value of r1,g1,b1 trasp   range  is 0-1
      trasp=1,no trasprent
   
   
   """
   center_x=float(center_x)
   center_y=float(center_y)
   center_z=float(center_z)
   size_x=float(size_x)
   size_y=float(size_y)
   size_z=float(size_z)
   r1=float(r1)
   g1=float(g1)
   b1=float(b1)
   trasp=float(trasp)
   
   p1=[center_x-size_x/2,center_y-size_y/2,center_z+size_z/2]
   p2=[center_x-size_x/2,center_y+size_y/2,center_z+size_z/2]
   p3=[center_x+size_x/2,center_y+size_y/2,center_z+size_z/2]
   p4=[center_x+size_x/2,center_y-size_y/2,center_z+size_z/2]
   p5=[center_x-size_x/2,center_y-size_y/2,center_z-size_z/2]
   p6=[center_x-size_x/2,center_y+size_y/2,center_z-size_z/2]
   p7=[center_x+size_x/2,center_y+size_y/2,center_z-size_z/2]
   p8=[center_x+size_x/2,center_y-size_y/2,center_z-size_z/2]
   obj=[
            ALPHA,trasp,
            COLOR,r1,g1,b1,
            BEGIN, TRIANGLE_STRIP,
            VERTEX,p1[0],p1[1],p1[2],
            VERTEX,p2[0],p2[1],p2[2],
            VERTEX,p4[0],p4[1],p4[2],
            VERTEX,p3[0],p3[1],p3[2],
            END,
           
            BEGIN, TRIANGLE_STRIP,
#             COLOR,1,0,0,
            VERTEX,p1[0], p1[1], p1[2],
            VERTEX,p5[0], p5[1], p5[2],
            VERTEX,p4[0], p4[1], p4[2],
            VERTEX,p8[0], p8[1], p8[2],
            END,
           
            BEGIN, TRIANGLE_STRIP,
            VERTEX,p4[0],p4[1],p4[2],
            VERTEX,p8[0],p8[1],p8[2],
            VERTEX,p3[0],p3[1],p3[2],
            VERTEX,p7[0],p7[1],p7[2],
            END,
           
           
            BEGIN, TRIANGLE_STRIP,
            VERTEX,p7[0],p7[1],p7[2],
            VERTEX,p3[0],p3[1],p3[2],
            VERTEX,p6[0],p6[1],p6[2],
            VERTEX,p2[0],p2[1],p2[2],
            END,
           
            BEGIN, TRIANGLE_STRIP,
#             COLOR,0,1,0,
            VERTEX,p2[0],p2[1],p2[2],
            VERTEX,p6[0],p6[1],p6[2],
            VERTEX,p1[0],p1[1],p1[2],
            VERTEX,p5[0],p5[1],p5[2],
            END,
           
            BEGIN, TRIANGLE_STRIP,
            VERTEX,p1[0],p1[1],p1[2],
            VERTEX,p5[0],p5[1],p5[2],
            VERTEX,p4[0],p4[1],p4[2],
            VERTEX,p8[0],p8[1],p8[2],
            END,
           
            BEGIN, TRIANGLE_STRIP,
            VERTEX,p5[0],p5[1],p5[2],
            VERTEX,p8[0],p8[1],p8[2],
            VERTEX,p6[0],p6[1],p6[2],
            VERTEX,p7[0],p7[1],p7[2],
            END,
            ]
   cmd.load_cgo(obj, name)
   


cmd.extend('gridbox', gridbox)

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实践：

相同的蛋白，设置不同的口袋，对接的结果差别较大。

观察口袋的差异。

###################口袋1###################

receptor = NLxxx.pdbqt



center_x = 8.6
center_y = -5.025
center_z = -12.576

size_x = 28.5
size_y = 24
size_z = 24

exhaustiveness = 16

###############################################

gridbox 8.6,-5.025,-12.576,28.5,24,24,"17nl",1,0,0.3,0.8

###########################口袋2#####################################

receptor = L.pdbqt



center_x = 8.6
center_y = -11.978
center_z = -12.576

size_x = 28.5
size_y = 44.25
size_z = 24

exhaustiveness = 16

###############################################################
gridbox 8.6,-11.978,-12.576,28.5,44.25,24,"17l",0,0,1.3,0.4

结果展示：

我们可以看到红色的盒子包含了重要的氨基酸的位置

蓝色的盒子包含了辅酶的位置

蓝色包含红色

从对接的结果来看，在我们这个体系中蓝色的盒子更符合实验的结果