背景：

高斯对小分子采用不同的优化条件（二面角不同11-9-1-7），从log文件中提取分子的构象，由于能量较大，想看看比较小分子构象的差异

叠合前的图片

pair_fit 命令叠合相关原子

PyMOL>pair_fit phe_330log////C9+N1+C11+C10, phe_335log////C9+N1+C11+C10
ExecutiveRMS: RMS =    0.004 (4 to 4 atoms)
PyMOL>pair_fit phe_340log////C9+N1+C11+C10, phe_335log////C9+N1+C11+C10
ExecutiveRMS: RMS =    0.049 (4 to 4 atoms)

叠合后的图片

参考

http://www.pymolwiki.org/index.php/Pair_fit

多个原子叠合用+号，

不要

pair_fit ligA////C1, ligB////C8, ligA////C2, ligB////C4, ligA////C3, ligB////C10

这样简写即可

pair_fit ligA////C1+C2+C3, ligB////C8+C4+C10