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Pymol 选择指定范围内的氨基酸

已有 17665 次阅读 2013-9-25 15:14 |个人分类:DrugDesign|系统分类:科研笔记| select, pymol

背景:有些蛋白没有解析出小分子(辅酶),而我们知道小分子在大分子中的位置是保守的。
这时候,我们可以通过叠合(align)操作,来添加小分子辅酶;
这时候通常会出现一些问题,辅酶和一些氨基酸发生碰撞。
你可以通过人眼观察,伤眼。
通过选择3A 或者 2A 范围内的氨基酸来确定哪些氨基酸发生碰撞或者距离不合理。
图形化的pymol是不能自由选择指定范围的氨基酸的。

####
在解析的晶体结构中,我发现3A以内是有氨基酸原子的,确定最小距离2.6A

我就选择3A范围,以及2.5A范围内的氨基酸

操作:
我的辅酶是NAP
select  起名字,指定要选的范围(对象)
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select NAP3A, resn NAP around 2.6         #选择离NAP2.6A范围内的原子
select NAP3Aress,byres NAP3A                #选择离NAP2.6A范围内的氨基酸残基

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要想熟练掌握命令行的pymol,我们要理解命令的意思
by====beyond





补充:
Pymol 图形化操作只能选择配体4A,5A,6A等范围内的氨基酸,操作简单,但灵活性差。
around 4A 和expand 4A 的区别
around 原子的中心到目标中原子的中心的最短距离<4A即可
expand考虑的原子的半径,原子表面到目标中原子的中心的最短距离<4A即可
差别不是很大



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1 赵序茅

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