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pymol增加object的states

已有 1304 次阅读 2019-3-22 11:51 |系统分类:科研笔记

pymol增加object的states


方法一

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一共有24个蛋白构象,每个构象至少对应一个口袋,口袋有自己的名字,


state1

rec_conf1

pkt5

其他state2

rec_conf2

pkt3

其他所有state没有出现过pkt5,导致pkt5成为1/1state,长期暂居在窗口中,只要为pkt5增加一个状态就可以摆脱这种现象。

pymol中不支持load 空蛋白。

策略是定义一个蛋白文件1.pdb,文件中包含一个原子,最好是稀有元素的原子方便删除。

load 1.pdb,pkt5,24;

remove elem oh

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方法二

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create 方法创建第25个state,然后删除这个状态

目前pymol 好像木有删除状态功能,暂时不能用方法二。


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方法三

从state2 开始加载构象和口袋,这样state1是空白。避免了state1/1的永久存在的尴尬。

该方法最为简单,代码修改最少,目前采用该方法。

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https://wap.sciencenet.cn/blog-950202-1168992.html

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