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R学习使用| 基因组工具| 关于技术| 学科发展|

基因组坐标: 邵娇芳 2013-1-3 21:24; 缺少规范的后果就是，每用一个文件都得去确认它的标准。基因组文件也是个烦人的问题，有些格式是的第一个碱基是0，有些又是1，要做精确到碱基的分析时，就比较烦恼了。现在把常用的坐标起始问题记录一下。 UCSC注释文件的起始坐标都是0，参见https://cgwb.nci.nih.gov/goldenPath/gbdDescriptions.html ENCODE peak ...; 个人分类: 基因组工具|3874 次阅读|没有评论

UCSC genome browser 镜像搭建: 邵娇芳 2013-1-3 15:28; 实验室测了几个 ChIP-seq ，想要把自己的结果展示出来，用 UCSC genome browser 的自定义 track 毕竟还是不方便，于是就开始硬着头皮去看本地化。从 http://genome.ucsc.edu/admin/mirror.html 这里开始。具体参考 http://genome-source.cse.ucsc.edu/gitweb/?p=kent.git;a=tree;f=src/p ...; 个人分类: 基因组工具|6645 次阅读|没有评论

用R画多系列的bar: 邵娇芳 2012-12-20 18:14; 现有一文件命名为“cons_count.txt”： score A B 0 0.170682731 0.192926045 0.0-0.1 0.008032129 0.007073955 0.1-0.2 0.010040161 0.016720257 0.2-0.3 0.032128514 0.025723473 0.3-0.4 0.03815261 0.036655949 0.4-0.5 0.102409639 0.091318328 0.5-0.6 0.156626506 0.14919 ...; 个人分类: R学习使用|3158 次阅读|没有评论

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