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isPcr 和 blat 的error

已有 3236 次阅读 2013-11-5 18:49 |个人分类:基因组工具|系统分类:科研笔记| error, isPcr

有个本地版的blat和isPcr总是会方便很多的。

我在ubuntu 13.04安装isPcr时报错,解决了,按例记一下,备查。


下载地址:

http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/

http://genome-test.cse.ucsc.edu/~kent/exe/


安装过程:

其实 echo $MACHTYPE返回的默认值是x86_64-pc-linux-gnu

所以需要export MACHTYPE=x86_64

mkdir -p ~/bin/$MACHTYPE

mkdir -p lib/$MACHTYPE

直接make会报错:

chainBlock.c: In function ‘findBestPredecessors’:
chainBlock.c:290:16: error: variable ‘bestLeaf’ set but not used
[-Werror=unused-but-set-variable]

于是,

vi inc/common.mk

去掉 两个-Werror,就可以顺利make了。


编译好的可执行程序在 ~/bin/${MACHTYPE}



https://wap.sciencenet.cn/blog-824692-739297.html

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