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- isPcr 和 blat 的error
- 有个本地版的blat和isPcr总是会方便很多的。 我在ubuntu 13.04安装isPcr时报错，解决了，按例记一下，备查。 下载地址： http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/ 或 http://genome-test.cse.ucsc.edu/~kent/exe/ 安装过程： 其实 echo $MACHTYPE返回的默认值是x86_64-pc-linux-gnu 所以需要export MA ...
- mysql获取ucsc信息
- cisgenome注释peaksshi时要用到ucscde的refgene table， 我总是会忘记它的title，得到结果时没法跟人交代每一列是什么意思。赶紧记一下一种简单的方法： mysql --user=genome --host=genome-mysql.cse.ucsc.edu -A -D hg19 -e 'select * from refGene where name= NM_000038 ' 会返回： | bi ...
- 随机取fastq序列
- 有时候为了看看测序深度对结果有什么影响，需要人为取原始序列的subset来分析下。 看到http://www.biostars.org/p/6544/ 这个讨论很好，随手记录下。 ShortReader的FastqSampler还算比较简单，序列较多的时候要很大内存。 我第一次在pc机上跑的时候发现一直没结果，但cpu一直在小量运行中，后来挪去大内存的server上很快 ...
- 基因组坐标
- 缺少规范的后果就是，每用一个文件都得去确认它的标准。 基因组文件也是个烦人的问题，有些格式是的第一个碱基是0，有些又是1，要做精确到碱基的分析时，就比较烦恼了。 现在把常用的坐标起始问题记录一下。 UCSC注释文件的起始坐标都是0，参见https://cgwb.nci.nih.gov/goldenPath/gbdDescriptions.html ENCODE peak ...
- UCSC genome browser 镜像搭建
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实验室测了几个 ChIP-seq ，想要把自己的结果展示出来，用 UCSC genome browser 的自定义 track 毕竟还是不方便，于是就开始硬着头皮去看本地化。 从 http://genome.ucsc.edu/admin/mirror.html 这里开始。 具体参考 http://genome-source.cse.ucsc.edu/gitweb/?p=kent.git;a=tree;f=src/p ...
