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FASTQC linux suse全程记录

已有 5089 次阅读 2014-8-28 20:47 |系统分类:科研笔记

网上有各种博客,各种解shuo——可是不尝试就有一份不确认——今天记录全过程。新手学习笔记

crtl+c 一个很不错的快捷方式,在linux中为结束当下进程

fastqc的官网 首先声明个人都是在服务器上,并没有root权限。平台为linux suse

http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

仔细看着说明书

第一步确认自己是否具备jave,因为该软件运行需要java,输入java -version

发现自己的是

java version "1.7.0_51"因为它要求jave为1.5以上。

下载之后

解压    

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~昨天没有写完

然后呢,进入fastqc目录里面,修改fastqc的属性变成可执行文件

chmod u+x fastqc

之后运行./fastqc+需要读的文件

这就很OK搞定了



但是不建议大家直接这样运行,大家还是写好脚本交给服务器运行吧







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