《国立大学法人法》规定, 国立大学法人化的核心内容就是: 建立、强化自主经营的法人体制。法人化后的国立大学制度包括: 实现大学法人化, 确保自主运营机制; 建立民间化的市场运营机制和制度化的“校外人员参与”机制; 建立“非公务员型”的弹性人事体制; 建立“第三方”评价体系等。实现国立大学法人化, 就是通过赋予国立大学法人资格,使国立大学实现自主办学。这主要表现在: 政府大幅度缩小国家在经费预算、人事管理等方面对国立大学的管制, 大学取得独立财政权, 自主决定预算; 各校自行决定校内机构的设废,校长以下的学校各级负责人( 包括大学事务局长) 将由校长任命; 大学可以自主决定开展协同产业、学界、政府等方面的事业活动, 开展“产学官”合作等各种事业。

法人化改革第一次鲜明地提出了经营大学的理念。向国立大学导入民营化方式, 实现市场化大学的办学思路, 通过市场化的经营增强国立大学的灵活性和效率化。这一改革的关键在于向国立大学引入“董事会”制度, 建立和完善决策机构和建立制度化的“校外人员参与”机制, 让社会人士加入到大学管理中来。

建立“第三者评价”制度。即在大学中引入既不直接隶属于政府, 也不完全由大学教师或者研究者等学术人员支配的第三者评价体制。《国立大学法人法》规定, 对于国立大学法人的办学成绩, 要由第三者加以评价, 强化了大学对出资者国民的说明义务。在六年中期计划时限内, 国立大学必须每年向评价机构递交年度业绩报告书, 接受经营状况和计划进展状况的评价, 政府依据评价结果作为财政经费拨给的依据, 大学的评价结果向学生、企业、赞助团体等国民社会全面公开。

实行弹性人事制度, 改变国立大学教职员的身份。改革后的国立大学教师由原来的公务员变成非公务人员。该法规定教师的身份保障由法人的就业规则来规定, 赋予国立大学教师劳动三权; 在就业规则中规定了兼职、兼业的管理办法, 撤销旧体制下对大学教员的兼职限制, 大学的教员可以自由兼职; 而在管理职位上则可以聘用外国人。