[转载]LinkageMapView -- 渲染高分辨率连锁图谱和QTL图谱

陈明杰 2019-3-11 08:30

连锁图谱和数量性状位点（quantitative trait loci，QTL）图谱是研究复杂性状遗传基础的关键工具。 LinkageMapView是一个用R编写的免费扩展包，它产生高分辨率，用于出版的连锁图谱和数量性状位点图谱。 LinkageMapView无缝整合来自R/qt的输出，也接受简单文本或逗号分隔文件，所以能够将它整合到构建流程中。包中有许 ...

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[转载]LncRNAs2Pathways -- 鉴定被一套感兴趣lncRNAs调控的通路

陈明杰 2019-3-10 15:56

已经证明长链非编码RNAs（Long non-coding RNAs，lncRNAs）在不同细胞过程和生物功能中起着重要作用。探索与lncRNAs相关的功能可能帮助提供对它们潜在生物学机制的见解。 当前方法主要关注于研究个别lncRNAs的功能；然而，关键生物学功能可能被多个lncRNAs的组合效应影响。 LncRNAs2Pathways基于全局网络传播算法，鉴 ...

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[转载]ViewBS -- 高通量重亚硫酸盐测序（BS-Seq）数据可视化

陈明杰 2019-3-10 10:15

高通量重亚硫酸盐测序（bisulfite sequencing，BS-seq）是一种产生植物和动物中单碱基DNA甲基化组的重要技术。 ViewBS是一个开源工具箱，它能够容易且灵活地提取和可视化DNA甲基化组数据。通过使用Tabix，ViewBS能够快速可视化大型BS-seq数据集。ViewBS能够产生出版质量图片，例如meta-plots，热图和小提琴-箱体图，能够 ...

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[转载]ChIPWig -- 一种可随机访问的无损和有损ChIP-seq Wig数据压缩方法

陈明杰 2019-3-9 19:56

ChIP-seq实验产生了大量数据集，提出了重大的存储和维护挑战。为了解决这个问题，提出了一种专门为ChIP-seq Wig数据设计的无损和有损压缩框架，叫做ChIPWig。 ChIPWig能够随机访问，概括统计查询，它基于为不均匀量化器而设计的最佳点密度非对称理论。 在由ENCODE协会产生的10套ChIP-seq数据集上测试了ChIPWig压缩器 ...

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使用GitHub的star，watcher，forks衡量生物信息学软件影响力

陈明杰 2019-1-17 08:16

现代研究（特别是生命科学研究）越来越数据驱动（各种数据库，ncbi，ebi，pdb等等），并且依赖生物信息学软件（挖掘知识，而非积累数据）。但是工资不高啊！^_^ 寻找合适软件，评价软件的影响力都非常重要的。 传统上，人们使用期刊影响因子判断软件影响力，比如我Nature上的，总比你bioinformatics上的软件好吧？？？但 ...

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linux命令行操作百度云盘记录

陈明杰 2018-12-5 22:52

Background： 服务器上堆了一堆数据，原来要下到本地，然后上传到百度云给客户，太慢，且传来传去文件有损坏。 Methods： 直接在服务器上安装python包bypy（https://github.com/houtianze/bypy），使用命令行(+脚本)上传文件到百度云。 Results： 能够批量上传，并且一个命令搞定，省去了本地这个中间环节，节省了时间。 ...

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阿里云OSS对象存储，linux命令行使用记录

陈明杰 2018-8-26 09:34

最近数据交付开始使用OSS了，以前都是快递硬盘。比较了下，发现OSS超级快，1小时下载了近200g的数据，极大节省了数据上传下载时间。 传统的做法是测序公司邮寄移动硬盘（约1-2天），从移动硬盘拷贝到本地服务器（1-2h，若是云服务器的话可能还需要1-2天）。现在直接1h搞定。加快了50-100倍。 centos使用记录 1，安装 ...

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生命科学数据库集锦（1000+数据库），可以分类搜索

热度 1 陈明杰 2018-6-6 08:50

学生信的很多人都知道 omictools ，这个外国网站收录了10000+种组学相关工具，在线的，单机的都有。 今天介绍了国内收录的数据库网站。Database Commons （ http://databasecommons.org/ ），收录了1000多个数据库，分门别类，非常好，推荐给大家。 可以按照数据库类型（RNA，DNA，蛋白质等等），物种（h ...

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