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生物信息| 非编码RNA| 其他| 软件| 网站| python| 每日文章导读|

[转载]runBNG -- 一个命令行BioNano基因组分析软件包: 陈明杰 2019-3-20 07:00; runBNG将BioNano基因组分析工具包装为单个脚本，能够在命令行运行。 runBNG能够完成包括单分子图谱的质控，光学图谱从头装配，不同光学图谱间的比较，超-重叠群和结构变异检测。与现有软件BioNano IrysView和KSU脚本比较，runBNG的主要优点是整个流程运行在单一平台，并且是高度可定制的。下载：https://gi ...; 个人分类: 软件|2285 次阅读|没有评论

[转载]【转载】miRNA命名，数据库等: 陈明杰 2019-3-17 16:04; MicroRNA (miRNA) 是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小 RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达，而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达。据推测，miRNA 调节着人类三分之一的基因。 miRNA命名 1、物种 hsa、mmu、rno分别代表人、小鼠、大鼠。 2、类别 ...; 个人分类: 非编码RNA|3298 次阅读|没有评论

省钱了，以后chip-seq不用做control了！用机器学习替代ChIP-seq中的control: 陈明杰 2019-3-17 14:20; ChIP-seq是鉴定转录因子结合的一种常用技术，但存在背景信号，传统做法是用一个对照（control）数据集进行校正，去掉背景信号，但是对照也存在“bias”：一套对照可能会miss潜在的bias来源。白话就是：一个对照在A基因处ok，在B基因处也ok吗？利用公共数据库中的大量control数据集，机器学习发挥了其优点，可以这些公 ...; 个人分类: 软件|3547 次阅读|没有评论

[转载]MWASTools -- 一个全代谢组关联研究R/Bioconductor包: 陈明杰 2019-3-15 12:49; MWASTools是一个整合分析大规模流行病学研究中代谢组数据的R包。关键功能包括：质控分析；使用各种模型（部分相关，广义线性模型）进行全代谢组关联分析；统计结果可视化；使用统计全相关谱（statistical total correlation spectroscopy (STOCSY）进行代谢物分配；和全代谢组关联研究（metabolome-wide association ...; 个人分类: 软件|2981 次阅读|没有评论

[转载]Kart -- 一个分而治之NGS read比对算法，适合于long reads: 陈明杰 2019-3-14 08:29; 下一代测序（Next-generation sequencing，NGS）提供了巨大的机遇以核苷酸分辨率研究全基因组变异。由于巨大的数据量，NGS应用需要非常快速且准确的比对算法。大部分现有read比对算法基本上都采用种子和扩展策略，这本质上是顺序的，并且在更长reads上耗费更多时间。我们开发了一种分而治之（divide-and-conquer）算法 ...; 个人分类: 软件|2066 次阅读|没有评论

[转载]Tomato Expression Atlas -- 番茄表达地图: 陈明杰 2019-3-13 23:16; 随着新的高通量DNA测序技术的发展和递减的成本，大量基因表达数据集正在以加速产生，但是是复杂难以可视化的。需要新的，更加交互和直观的工具以可视化表达数据的时空环境，并帮助阐明基因功能。我们使用番茄果实作为一种模式植物，开发了番茄表达地图（Tomato Expression Atlas）以促进高效数据分析，除了候选基因鉴 ...; 个人分类: 网站|3365 次阅读|没有评论

[转载]m6aViewer -- 从m6A-seq/MERIP测序数据中检测、分析和可视化N6甲基腺苷峰: 陈明杰 2019-3-13 13:00; m6A为一种在基因表达中具有关键调控作用，并且可能在人类疾病中起作用的动态修饰。然而，分析m6A测序数据的生物信息学资源仍然是有限的。 m6aViewer -- 一个分析和可视化来自测序数据的m6A峰的跨平台应用。m6aViewer实现了一种新的m6A峰识别算法，它鉴定高可靠性甲基化残基，比以前描述的方法更准确。与其他当前可 ...; 个人分类: 软件|5262 次阅读|没有评论

[转载]AutoCirc -- 更快地鉴定RNA-seq数据中的环状RNA（circRNAs）: 陈明杰 2019-3-13 07:58; AutoCirc从RNA-seq数据中自动鉴定潜在circRNA的反向剪接位点。核心算法是C++实现的，用Perl包装，在相同计算环境下，比其他circRNA检测算法更快。AutoCirc用来检测基因组已知的所有物种中的circRNAs。它不需要基因注释，但是基因注释会改善circRNAs的检测。下载：https://github.com/chanzhou/AutoCirc 语言：C++/Per ...; 个人分类: 软件|2201 次阅读|没有评论

[转载]Splatter -- 模拟单细胞RNA测序数据: 陈明杰 2019-3-12 23:33; Splatter Bioconductor包，用于简单，可重复和良好记录的scRNA-seq数据的模拟。Splatter基于γ-泊松分布，为多种模拟方法（包括Splat、Simple、Lun、scDD和BASICS等）提供了一个接口，使得研究者能够以一种可重复方式快速模拟单细胞测序数据，并在模拟和真实数据间比较。下载：https://bioconductor.org/packages/rel ...; 个人分类: 软件|3772 次阅读|没有评论

[转载]HiCUP -- 比对和处理Hi-C数据的流程: 陈明杰 2019-3-11 19:22; Hi-C和捕获Hi-C是研究基因组三维组织的技术，HiCUP是一个处理由Hi-C和捕获Hi-C（Capture Hi-C，CHi-C）产生的测序数据的流程。流程比对数据到一个指定参考基因组，并去除可能阻碍随后分析的假象。HiCUP也产生一个易于解释，但详细的质控（quality control，QC）报告，它帮助改善实验方案以用于未来研究。下载： ...; 个人分类: 软件|3185 次阅读|没有评论

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