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生物信息| 非编码RNA| 其他| 软件| 网站| python| 每日文章导读|

[转载]中文文案排版指北 -- 中英混杂，标点符号规范！: 陈明杰 2019-5-16 08:46; 空格中英文之间需要增加空格中文与数字之间需要增加空格数字与单位之间无需增加空格全角标点与其他字符之间不加空格 -ms-text-autospace to the rescue? 标点符号不重复使用标点符号全角和半角使用全角中文标点数字使用半角字符遇到完整 ...; 个人分类: 其他|4127 次阅读|没有评论

Ensembl ID转gene name下载视频: 陈明杰 2019-5-15 13:08; 自己录制的，可以另存下来！ 1，打开ensembl网站： http://www.ensembl.org 2，点击上面的biomart 3，选数据库，例如human，版本 4，选要获得的列（attributes），这里是gene stable ID，ENSxxxx和gene name（symbol） 5，点击results获得结果文件 6，少的话一个一个找，多的话用excel或者编程自己匹配下， ...; 个人分类: 生物信息|2642 次阅读|没有评论

[转载]chromedriver与chrome版本映射表: 陈明杰 2019-5-10 09:01; 看到网上基本没有最新的chromedriver与chrome的对应关系表，便兴起整理了一份如下，希望对大家有用： chromedriver版本支持的Chrome版本 v2.46 v71-73 v2.45 v70-72 v2.44 v69-71 v2.43 v69-71 v2.42 v68-70 v2.41 v67-69 v2.40 v66-68 v2.39 v66-68 v2.38 v65-67 v2.37 v64-66 v2. ...; 个人分类: 软件|1813 次阅读|没有评论

批量gzip，ungzip快速压缩和解压fastq文件: 陈明杰 2019-4-29 10:59; 二代测序fastq文件太大，解压，压缩很浪费时间。常规：使用gzip gunzip单线程压缩进阶1： python调用threading，多线程压缩，相当于开了N个窗口进行解压和压缩，略。进阶2：使用pigz，unpigz调用多核cpu压缩和解压。实测： importos importtime a=time.time() #os.system( ...; 个人分类: 软件|11746 次阅读|没有评论

[转载]python解压压缩包的几种方法: 陈明杰 2019-4-29 09:40; 这里讨论使用Python解压例如以下五种压缩文件： .gz .tar .tgz .zip .rar 简单介绍 gz：即gzip。通常仅仅能压缩一个文件。与tar结合起来就能够实现先打包，再压缩。 tar： linux系统下的打包工具。仅仅打包。不压缩 tgz：即tar.gz。先用tar打包，然后再用gz压缩得到的文件 zip：不同于gzip。尽 ...; 个人分类: python|2560 次阅读|没有评论

[转载]python中文汉字转拼音: 陈明杰 2019-4-25 07:00; 将汉字转为拼音。可以用于汉字注音、排序、检索( Russian translation ) 。基于 hotoo/pinyin 开发。 Documentation: http://pypinyin.rtfd.io/ GitHub: https://github.com/mozillazg/python-pinyin License: MIT license PyPI: https://pypi.org/project/pypinyin ...; 个人分类: 软件|3204 次阅读|没有评论

如何查看载入的R包的版本号？: 陈明杰 2019-4-24 14:24; library('xxx') sessionInfo() 仔细找下就可以了。; 个人分类: 生物信息|18609 次阅读|没有评论

[转载]Linnorm：改进的单细胞RNA-seq表达数据统计分析: 陈明杰 2019-4-16 07:28; Linnorm是用于单细胞RNA测序（single cell RNA sequencing，scRNA-seq）数据分析的一个新的标准化和变换方法。Linnorm被开发以去除技术噪音，并同时保留scRNA-seq数据中的生物学变异，这样能够改进现有统计方法。显示Linnorm在速度、技术噪音去除和细胞异质性保留中有优势，在新亚型发现，细胞伪时间顺序，聚类分析等 ...; 个人分类: 软件|3290 次阅读|没有评论

使用rMATS分析alternative splicing，并使用rmats2sashimiplot绘图: 陈明杰 2019-4-2 07:29; 程序检测的5种AS事件：SE, A5SS, A3SS, MXE, RI 安装： pip install numpy yum install lapack-devel blas-devel yum install gsl-devel.x86_64 yum install gcc-gfortran python 版的rMATS即可使用： nohup python rmats.py --b1 b1.txt --b2 b2.txt --gtf human.gtf --od AS -t paired ...; 个人分类: 软件|9069 次阅读|没有评论

[转载]Protein-Sol -- 一个从序列预测蛋白质可溶性的网络工具: 陈明杰 2019-3-20 07:10; 蛋白质可溶性是工业和治疗应用中一种重要的性质。尽管有对相关物化性质越来越多的理解，但是预测仍是一项挑战。 Protein-Sol从序列预测蛋白质可溶性。使用无细胞表达系统中可用的大肠杆菌蛋白质可溶性数据，计算了35种基于序列的性质。从分开低可溶性子集和高可溶性子集中确定特征权重。输入序列：输出：模型返 ...; 个人分类: 网站|6092 次阅读|没有评论

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