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癌症相关文章导读:从云南升麻中分离的环菠萝烷三萜衍生物对三阴性乳腺癌细胞的抗癌功效
陈明杰 2019-9-24 08:15
使用神经网络分类器自动方式进行宫颈癌检测和分割 人干细胞来源自然杀伤细胞用于癌症免疫治疗的崛起 尿液mRNA-PCA3水平与新的前列腺癌分级系统间的相关性 混合脂质体对肝细胞癌细胞生长的抑制效应 18F-脱氧葡萄糖来源的生物学促进在鳞状细胞肛门癌中有作用吗? 二肽基肽酶-4抑制通过CXCL12/CXCR4/mTOR轴加 ...
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癌症相关文章每日导读 -- 前列腺癌筛查:进入分子时代
陈明杰 2019-9-23 13:17
耳针在癌痛治疗中的有效性:随机临床试验 PLK4高表达通过调控Wnt/β-catenin信号通路促进结肠直肠癌肿瘤进展并诱导上皮-间质转化 自噬、癌症干细胞和耐药 心力衰竭和癌症中的代谢紊乱 膳食硒摄入预防癌症吗?一项基于人群的前瞻性研究的系统回顾和荟萃分析 EGFR-突变非小细胞肺癌的新兴药物 C反应蛋白/ ...
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数据可视化(科研绘图)-基础篇
陈明杰 2019-9-12 07:44
科研绘图相关的基本知识,包括取色、P图等。欢迎下载查看! 数据可视化(科研绘图)背景知识.pptx
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CFEA:游离DNA表观遗传修饰(5mC、5hmC、核小体定位)数据库
陈明杰 2019-8-31 17:06
cfDNA是疾病液体活检的一种强大工具,而cfDNA的表观遗传修饰对于疾病检测和分类也是至关重要的。 作者使用公共数据库数据,开发了标准化质控、分析流程,并构建了一个网络服务器,以在基因组规模上查询、可视化5mC、5hmC和核小体定位信息。 使用该数据库,用户能够: 1,浏览来自血浆或血清的cfDNA的表观遗传信息 2, ...
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RNA-seq测序中intronic reads占比较多的原因?
陈明杰 2019-8-23 07:17
使用 ReSeQC 做RNA-seq reads distribution时,会发现intronic占比比较多,大概30-40%,原因如下: 1,由于转录是个动态过程,期间会存在incompleted (nancant, on-going, co-transcripted,unspliced ...) spliced RNA,并且由于intron的长度一般是exon的20倍左右,所以即使有1%的incompleted spliced RNA,也会对这个分 ...
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MaxQuant处理质谱原始数据记录
陈明杰 2019-8-22 09:08
https://www.maxquant.org/ Win10 空间:10G以上 耗时:根据原始文件大小,约sample/4h,可以使用多核加速运行 1,载入数据,注意设置每个样品的Experiment,样品名 2,载入蛋白质fasta文件 注意把Label free quantification标签中的LFQ导出选中 3,运行 漫长等待后,结果文件见combined/tx ...
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[转载]PACES:预测mRNA中的N4-乙酰胞嘧啶(ac4C)修饰位点
陈明杰 2019-8-19 10:43
N4-乙酰胞嘧啶(ac4C)是一种高度保守的RNA修饰,并且是mRNA中第一个描述的乙酰化事件。已经证明mRNA中的ac4C参与mRNA稳定性调控,加工和翻译,但是仍然不清楚ac4C起作用的确切方式。此外,ac4C以生理学上相关的水平广泛分布于人类转录组中,并且迄今为止,实验仅检测了一小部分修饰序列。本研究中,我们开发了一个人类mR ...
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[转载]METTL1通过m7G甲基化促进let-7 miRNA加工
陈明杰 2019-8-18 17:02
1,两种测序方法(BoRed-seq和MeRIP-seq)都鉴定了miRNA中的m7G修饰 2,甲基转移酶METTL1介导miRNA的m7G修饰 3, METTL1促进miRNA成熟并抑制肺癌细胞迁移 4,m7G通过拮抗miRNA前体中的G-四联体结构促进miRNA加工 参考: METTL1 Promotes let-7 MicroRNA Processing via m7G Methylation
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[转载]MM-6mAPred:基于马尔科夫模型识别DNA 6mA位点
陈明杰 2019-7-30 17:13
定义:DNA上的6mA位点,已经发现6mA与胚胎发育、应激反应等密切相关。 bioinformatics上新发表的使用马尔科夫模型预测DNA 6mA位点的网络服务器 输入为fasta格式序列 输出为excel表格,告诉你是否发生6mA,ratio越大越可靠。 物种目前仅限于rice。 参考: MM-6mAPred: Identifying DNA N6-methylad ...
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[转载]2019年影响因子下载
陈明杰 2019-6-23 13:52
2019年影响因子.xlsx 网上找到的,中文PubMed正在全面更新本站的影响因子,欢迎访问! http://www.chinapubmed.net 3000多万篇 中英文双语 生物,医学文献检索平台。旨在翻译、分享生命科学、医学、药学等最新科技论文,提供文献检索, 免费下载全文 ,文章评论等服务,打造中文PubMed文献数据库!
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