博文
- 在线绘制临床cox分析结果森林图（forest plot）
- 导读 森林图是临床医学研究中非常常见的一种图。在生存分析的背景下，森林图可以用来展示不同变量风险比的估计值和置信区间，以及它们的统计显著性。本文对森林图中各个元素进行了简要说明，并展示了使用微生信云平台在线绘制森林图的详细步骤。 森林图 森林图是一种非常灵活的可视化工具，不仅可以 ...
- 在线绘制双火山图，一张图展示三个实验条件、或者两种组学联合分析结果
- 导读 火山图可以展示cancer vs normal的差异结果。如果还有一组model组，那么该如何展示呢？使用双火山图，实现了将cancer、normal、model三个实验条件绘制在一张图上，同时展示cancer vs normal, model vs cancer共有且具有相同差异表达趋势（上调、上调），或者相反差异表达趋势（上调、下调）的感兴趣基因。 ...
- 根据KEGG官网，将pathway分析结果进行二级分类汇总，轻松找到感兴趣通路
- 导读 做完通路分析，拿到几十条富集通路后，我们经常会寻找与“某关键词”相关的通路。例如与癌症相关的通路，与免疫相关的通路，与代谢相关的通路等。单纯从名字来看，面对几十甚至上百个英文通路名，一时半会分不清。通过利用KEGG官网的pathway二级分类对富集结果进行汇总，可以帮助我们快速找到感兴趣的通路，例如 ...
- 棒棒糖图展示GO本体论富集分析结果
- 导读： 棒棒糖图展示GO富集分析结果。每个GO术语用一根竖线表示，竖线的高度为-log10(p)，表示统计显著性。圆圈中的数字表示注释到特定GO术语的差异表达基因的个数。圆圈的颜色表示GO的3个类别：BP，CC，MF。 GO本体论简介 基因本体论（Gene Ontology，简称GO）是一个旨在提供标准化的基因和基因产物特性描 ...
- 冲积图（alluvial plot）展示竞争性内源RNA（ceRNA）网络
- 导读： 用冲积图展示ceRNA网络可以更好地查看竞争和吸附关系，让静态的图，“流动”起来。 冲积图简介 Alluvial plot （冲积图）是一种流程图，最初设计用于展示网络结构随时间的变化。这种图表特别适用于展示数据中的分类如何从一个组别流向另一个组别，例如在分析不同子类型样本中的细胞如何在不同聚类中 ...
- 2200+种SCI期刊论文配色方案，总有一款适合您
- 导读： 期刊论文配色如同穿衣打扮，美颜相机。为了让您的论文更专业、更美观、更有吸引力（大白话：增加接受率），我们将ggsci、pypalettes等包中的颜色集去重、汇总，整理了一个可以在线查询2200+种配色的网页。不用学配色，照样做出高质量图片。 期刊论文配色 期刊论文的配色对于展示科研成果和提升 ...
- 渐变树图（treemap)展示GO、KEGG富集结果
- 富集分析简介 富集分析（Enrichment Analysis）是生物信息学研究中最常用的统计方法，主要应用于分析高通量实验（如基因芯片、RNA-Seq、蛋白质组学等）所获得的基因或蛋白质表达数据。其目的是发现在特定生物学条件下，哪些基因集或通路表现出显著的表达变化。通过这种方法，研究者可以初步分析基因可能参与的生物学 ...
- 桑基气泡图 – 5个维度展示KEGG通路富集结果
- 2022年发表在《Nature communication》上的文章Kir2.1-mediated membrane potential promotes nutrient acquisition and inflammation through regulation of nutrient transporters fig1i使用微生信平台绘制了一张图，我们将其命名为“桑基气泡图”。从此，桑基气泡图进入了大家的眼帘，被各个公众号、平台争相模仿。今 ...
- [转载]项目文章：中医药治疗为晚期胃癌患者带来新曙光
- 胃癌作为一种常见且严重的恶性肿瘤，全球每年有数百万新发病例，尤其在中国，胃癌的发病率和死亡率均为恶性肿瘤中的第三位。胃癌的确切病因尚不完全明确，但研究表明，幽门螺杆菌感染、饮食习惯、遗传因素和环境因素等均与其发生有关。早期胃癌常无明显症状，或仅表现为消化不良、食欲不振等不特异性症状，因而容 ...
- 复现CELL文章图片，在线绘制scRNA-seq多个cluster的差异火山图
- 导读 火山图表示两组间的差异，而在 scRNA-seq 中，同时会有多个 cluster （ vs 其他 cluster ）的差异。如果用常规火山图展示，可能需要绘制十几个图。有没有更高效的展示方法呢？今天给大家带来 CELL 文章“ A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Hea ...
