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[转载]客户文章:转录组测序如何“画龙点睛”?
2024-5-21 10:53
生物信息学(生信)是一个结合生物学、计算机科学和统计学的跨学科领域,在讲述生命科学的故事中扮演了至关重要的角色。 如何利用生信深入探索和阐述生物学现象呢?具体来说,通过解析DNA序列,我们可以揭示基因的结构、功能以及进化;转录组数据分析则让我们能够探究在特定环境下,基因是如何被激活或抑制,以 ...
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批量将GOID转成GO term名并添加BP,CC,MF分类信息
2024-5-13 11:54
基因本体论(Gene Ontology,GO,https://www.geneontology.org)是一个广泛应用于生物信息学领域的知识库,它提供了一套标准化的词汇和分类体系,用于描述基因功能、细胞组分和生物过程。GO旨在统一科研人员对基因功能的理解,并提供一个共享的语言框架,以促进基因功能注释和数据分析的标准化。 GO 的核心概念是“ ...
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推荐4个可用的github国内镜像
2024-5-10 13:01
Github 是全球最大的代码托管云平台,超过 1 亿用户在平台上分享代码及数据,深受生物信息学软件开发者的喜爱,并且现在发表文章,若涉及到代码,编辑还要求我们把代码及数据存放在 github 上,以便检查数据的真实性和可重复性, github 堪称生物信息学代码界的“ GEO ”。 But,访问github经查卡壳,今 ...
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[转载]高性价比发文典范——101种机器学习算法组合革新骨肉瘤预后模型
2024-5-8 10:53
随着高通量测序技术的飞速发展和多组学分析的广泛应用,科研人员在探索生物学奥秘时经常遇到一个令人又爱又恼的问题:如何从浩如烟海的数据中挖掘出潜在的疾病关联靶点?又如何构建一个全面而有效的诊断或预后模型?只有通过优雅的数据挖掘、精致的结果展示、深入的讨论分析,并且辅以充分的湿实验验证,我们才能锻造出一 ...
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TCGAplot在线版:输入基因,一键绘制TCGA基因表达与TMB相关性雷达图
2024-4-16 16:04
1.TCGAplot简介 华科同济医院的王雄老师课题组利用 TCGA 数据库,开发了一个 TCGA 多组学数据泛癌分析和可视化 R 包 TCGAplot 。用于泛癌表达以及基因表达与 TMB 、 MSI 、 TIME 和启动子甲基化之间相关性等分析。 2.TMB简介 肿瘤突变负荷( Tumor ...
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TCGAplot在线版:输入基因,一键绘制TCGA基因表达与MSI相关性雷达图
2024-4-12 15:19
1. TCGA 简介 TCGA ( The Cancer Genome Atlas )收集了大量癌症样本的数据,涉及 33 种不同癌症、超过 20000 个样本,包括外显子组测序、 RNA 测序、 microRNA 测序、拷贝数变异、蛋白质组和甲基化组,临床信息等数据,研究者可以利用各种生物信息学工具和统计方法来挖掘数据中的有用信 ...
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TCGAplot在线版:输入基因,一键绘制TCGA泛癌肿瘤vs正常box图
2024-3-28 17:04
1,TCGA简介 TCGA ( The Cancer Genome Atlas )收集了大量癌症样本的数据,涉及 33 种不同癌症、超过 20000 个样本,包括外显子组测序、 RNA 测序、 microRNA 测序、拷贝数变异、蛋白质组和甲基化组,临床信息等数据,研究者可以利用各种生物信息学工具和统计方法来挖掘数据中的有用信息,推 ...
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[转载]项目文章:涡虫前后轴m6A动态变化的探索
2024-1-9 23:42
涡虫( Planarians )是扁形动物门( Platyhelminthes )涡虫纲( Turbellaria )的一类生物。它们大多是淡水生物,也有一些海水和湿润陆地环境中的种类。涡虫因其在实验室研究中显示出的非凡的再生能力而被广泛研究。 ...
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微生信 -- 0代码科研绘图,助力发高分文章
2023-12-29 13:48
1 ,粘贴数据,一键出图 www.bioinformatics.com.cn 微生信云平台以 220 多款 在线绘图、分析模块为基础,致力于 0 代码在线分析数据, 0 代码在线绘制科研图片。让不会编写代码的科研工作者,贴贴数据,点点鼠标就能够进行数据分析和科研绘图,沉浸在数据分析和绘图所带来的便捷和喜悦中,助力发文章 ...
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NCBI GEO王炸:GEO2R直接分析RNA-seq数据,几家欢喜几家愁?
2023-7-15 11:56
GEO2R 是 NCBI GEO 团队针对上传到 GEO 的芯片数据开发的一款在线差异分析、可视化作图工具,是广大数据分析人员的福音。然而,一直以来 GEO2R 仅针对芯片数据,对于越来越多的测序数据,只能下载所上传的 matrix 矩阵,进行分析,若没有上传表达矩阵,或者基因组版本不合适的话,往往还得下载原始数据重新分析,耗时耗力 ...
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GMT+8, 2024-5-21 16:14

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