博文

使用anaconda安装python的模块

2017-7-13 17:51

Anaconda是一款可在Windows和MAC系统下快速简洁实现python不同模块（包）安装的工具。 下载地址： https://www.continuum.io/downloads 举例： 在成功安装后，打开 Anaconda编译器，使用以下命令实现biopython 1.68版本的安装： To install this package with conda run: conda install -c anaconda biopython ...

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QIIME组装paired-end reads的两个实用工具

2014-7-25 14:09

QIIME pipeline 采用 fastq-join 和 SeqPrep 合并Illumina paired-end reads。其安装方法如下： Currently, there are two methods that can be selected by the user to join paired-end data: fastq-join - Erik Aronesty, 2011. ea-utils : “Command-line tools for processing biological sequencing data” ( ...

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求助如何设置科学网博文不同段落不同行距

热度 1 2014-3-27 00:29

本人是科学网新用户，今天在写博文时想对不同段落设置不同行距。在工具栏找了好久还是没能找到有效调整不同行距的按钮，冒昧在此向各位博友求助！谢谢！ 例如,如何减小下面英文部分行间距让它看起来更紧凑? Spend all your time waiting for that second chance For a break that would make it OK There’s ...

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一种利用 Python 异常 (Exception) 判断快速检验成员资格的方法

2014-3-27 00:09

在 python 语言 编程 中 , 我们经常会使用到 in 来检验 成员资格 , 即某个元素 (element) 是否属于某个列表 (list) 或字典 (dic). 常用的命令行输入为 for item in lis 或者 for key in dic.keys(). 然而 , 当列表或字典中储存了大量元 ...

个人分类: Python语言|11179 次阅读|没有评论

Bowtie2 做 Mapping 及抽取原始 paired-end 序列

2014-3-21 20:03

1.下载及安装 bowtie2； http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 2.格化式数据库（如contig序列文件）； bowtie2-build contigs .fa assembly.bowtie 3.Map 原始序列至 contigs,结果输出为 SAM format； （1）Paired-end reads bowtie2 -x assembly.bowtie -1 Raw ...

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基于blast结果从Database中抽取注释和参考序列

2014-3-6 16:35

# Written and tested in Python 2.7.2 and bipython #Extract_annotation_using_BlastSubjectIds(fast).py # 本脚本用来从 blast 结果(m6 fomat)中，根据第二列subject id 从原始database中抽取相关注释及参考序列。 import os from Bio import SeqIO while True: Parameters=raw_input( ...

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Python计算GC 和N50的脚本

热度 1 2014-1-12 18:08

最近从基于高通量测序的16S分析转换到 环境样品的 Metagenome 分析时，需要统计组装后contig的GC含量和N50。于是花了点时间写了个小脚本，方便今后数据处理工作。 #GC_N50.py print 'Python and Biopython needed for running this script!' print Script for calculating N50 of assembly ...

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