michael0214的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/michael0214

博文

Circos的安装技巧 (Mac OS)

已有 4795 次阅读 2017-9-3 18:16 |系统分类:科研笔记

Circos是一个基于Perl写的应用非常广泛的基因组圈图绘制软件。生信技能树给出了比较简要的使用说明:http://www.biotrainee.com/thread-753-1-1.html。 当然软件本省给出了详细的使用说明:http://circos.ca/documentation/tutorials。原以为该软件的安装应该是一个非常简单的过程,但是其中一个Perl包-GD的安装还是出现了各种问题,折腾了许久终于找到了方法,先记录下来以备之后的查询(以Mac OS系统为例)。


1) Circos的下载:http://circos.ca/software/download/

   下载最新版本的软件后,解压即可。把文件夹下的bin目录添加至环境变量中,例如.bash_profile或.bash_rc中。


2)依赖perl包的查询与安装

  $circos -modules 可查询该软件所依赖的perl包


ok       1.29 Carp

ok       0.36 Clone

ok       2.63 Config::General

ok       3.40 Cwd

ok      2.145 Data::Dumper

ok       2.52 Digest::MD5

ok       2.84 File::Basename

ok       3.40 File::Spec::Functions

ok     0.2304 File::Temp

ok       1.51 FindBin

ok       0.39 Font::TTF::Font

ok       2.50 GD

ok        0.2 GD::Polyline

ok        2.5 Getopt::Long

ok       1.16 IO::File

ok       0.33 List::MoreUtils

ok       1.48 List::Util

ok       0.01 Math::Bezier

ok   1.999811 Math::BigFloat

ok       0.07 Math::Round

ok       0.08 Math::VecStat

ok       1.03 Memoize

ok       1.32 POSIX

ok       1.29 Params::Validate

ok       1.69 Pod::Usage

ok       2.05 Readonly

ok 2017060201 Regexp::Common

ok       2.78 SVG

ok       1.19 Set::IntSpan

ok     1.6611 Statistics::Basic

ok       2.41 Storable

ok       1.17 Sys::Hostname

ok       2.02 Text::Balanced

ok       0.60 Text::Format

ok     1.9725 Time::HiRes


任何显示为非ok的选项需要进行安装。除GD以及GD::Polyline以外,其他perl包都可以用常规方式进行安装,例如cpan,或者cpanm.

Perl包的正常安装,不一定代表能够被正常使用。circos提供了gddiag 来查询perl包的所需functions能否被正常调用。

$gddiag

allocated 20603 colors

Created color diagnostic image at gddiag.png

GD version 2.50


3)Perl包GD的安装

上述的显示结果为所用perl包完整安装的情况。要实现上述目标,首先要正常安装GD包,在我所使用的MAc OS 版本中,该包可以用cpan或者cpanm进行安装,circos -modules也可以通过。但是gddiag却报错了,也就说该包的function无法正常使用。所以现在只能手工安装GD包。实际上perl包GD只是一个接口,所以在安装之前要先安装libgd库。

libgd的安装在Mac OS 系统 可以直接使用brew install libgd进行安装,当然也可以现在安装文件到本地然后一步步安装(http://libgd.github.io/):./configure; make && make install。安装过程中确保相关的依赖包也能够进行安装: http://starsyi.github.io/2016/05/31/%E9%9D%9Eroot%E7%94%A8%E6%88%B7perl-GD%E6%A8%A1%E5%9D%97%E7%9A%84%E5%AE%89%E8%A3%85/

libgd安装完毕之后,需要本地下载perl包GD: http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/L/LD/LDS/

解压缩后,进入文件夹,$perl Make.PL

Included Features:          GD_XPM GD_JPEG GD_FONTCONFIG GD_FREETYPE GD_PNG GD_GIF GD_GIFANIM GD_OPENPOLYGON GD_UNCLOSEDPOLY GD_ANIMGIF GD_FTCIRCLE VERSION_33


确保GD_FREETYPE, GD_PNG 特性包含在内。

之后,make && make install


到此安装过程结束。


运行$gddiag应该可以得到2)中结果。




https://wap.sciencenet.cn/blog-689440-1074048.html

上一篇:Conda - 多平台软件管理平台
收藏 IP: 217.82.20.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2022-8-12 16:58

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部