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Conda - 多平台软件管理平台

已有 5358 次阅读 2017-7-4 03:06 |系统分类:科研笔记| conda, 软件管理

在做生物计算时,往往需要安装很多软件包,例如目前比较流行的python包。但是很多时候不同软件存在dependence,安装起来较为繁琐。

Conda是一个可用于多平台(Windows, Linux, Mac)的软件管理系统(不仅包含python包的管理),相关简介见:https://conda.io/docs/intro.html 。 它比较类似mac下的homebrew, linux中yum等软件管理工具 (或更加类似docker?? Command line版的Galaxy)。Conda 包括两种模式:Anaconda 和 Miniconda。前者的起始安装包含150个包,如果不需要那么多起始包,建议使用Miniconda。两者详细区别参见:https://conda.io/docs/download.html。 这里介绍Miniconda在linux中的使用(其他安装参见:https://conda.io/docs/install/quick.html#id1  ):


1)Miniconda的安装:

  下载链接:https://conda.io/miniconda.html

  选择合适版本下载后:>bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

   安装过程可以自行选择路径(尤其适合非root用户),并提示将其目录下/bin/文件夹加入.bash_rc (也可自行edit 添加至.bash_profile,需要重新登录生效)。之后软件安装所有的可执行性文件都会在这个文件夹中生成。


2)新软件安装

Conda的软件安装命令十分简单:https://conda.io/docs/using/pkgs.html。 安装过程会同时下载相应的依赖软件包。所有下载包被放置于minicoda目录下的pkgs文件夹中,可执行文件放于bin文件夹中,因此可以直接运行使用。


3) 常用channel的使用:

channel 的添加:

conda config --add channels defaults

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda


其中最常用的当属bioconda: https://bioconda.github.io/index.html .

Bioconda consists of:


软件包的查询:https://bioconda.github.io/recipes.html


例如之前破费周折的CPATpython包可以直接一个命令安装:> conda install cpat





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