生物信息学FAQ：怎样找染色体序列的长度

李雷廷 2016-7-25 10:58

染色体序列长度可以用于分析基因在染色体上的相对位置长度，也可以用于对比近缘物种的染色体大小。 要找染色体序列的长度，一般有两种方法： 从文献和基因组网站上陈列的信息中找 从染色体序列文件中分析 第一种方法容易理解，这里重点谈一下第二种方法，也就是怎么从染色体序列文件中去分析染色体序列文件。一 ...

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rate和ratio在用法上的区别

热度 1 李雷廷 2016-7-23 21:13

rate 可以翻译为速度或速率，指不同单位之间的关系。比如，某人开车的 rate 是30公里/小时；猪八戒吃馒头的 rate 是10 个馒头/分钟。 ratio 可以翻译为比例，指相同单位之间的关系。比如，甲开车的 rate 是 30 公里/小时，乙开车的 rate 是 60公里/小时，甲和乙开车速度的 ratio 是 1:2；猪八戒有100个馒头，沙和尚有200 ...

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物种树与基因树不一致：拟南芥属所有物种基因组重测序

热度 1 李雷廷 2016-7-20 20:13

2016年7月18日，《Nature Genetics》期刊在线发表了题为“ Sequencing of the genus Arabidopsis identifies a complex history of nonbifurcating speciation and abundant trans-specific polymorphism ”的研究论文。研究作者来自奥地利、德国、瑞士等国。 目前已知拟南芥属共有27个物种，其中完成了 ...

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二代深度测序结合三代测序获得了N50为 12.8Mb 的拟南芥Ler基因组

热度 1 李雷廷 2016-7-10 10:48

2016年6月27日，PNAS期刊在线发表了《Chromosome-level assembly of Arabidopsis thaliana L er reveals the extent of translocation and inversion polymorphisms》的研究文章。 尽管世界上广泛报道、解析了各种类型的拟南芥基因组序列，但这些重建的基因组中大多数是基于短 DNA 测序序列与一个参考基因 ...

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南半球海草基因组论文发表于《Plant Physiology》

李雷廷 2016-7-6 13:44

（图片来源：http://www.mesa.edu.au/seagrass/gallery.asp） 2016年7月3日，南半球海草（ Zostera muelleri ）基因组论文发表于 Plant Physiology 杂志上。 海草（seagrass）是从陆地植物演化而来的海洋开花植物。大约 1.4 亿年前，在单子叶植物进化早期阶段，海草从陆地返回海洋。它们成功适应了与 ...

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Kallisto: 一个RNA-seq数据快速量化软件

李雷廷 2016-6-13 09:30

（图片来源： http://dx.doi.org/10.1038/nbt.3519 ） 2016年4月4日，Nature Biotechnology 杂志上发表了一篇题为“ Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification ”的论文，主要内容是介绍一款 RNA-seq 数据量化软件 kallisto。所谓 RNA-seq 数据量化指的是从 RNA-seq 的测序数据中计算出每一个基因的 ...

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1135个拟南芥基因组测序的论文发表于Cell

李雷廷 2016-6-13 09:27

（图片来源：http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2016.05.063） 2016年6月9日，1135个拟南芥（Arabidopsis thaliana）基因组重测序的论文在 Cell 期刊在线发表。论文的作者是 The 1001 Genomes Consortium，也就是拟南芥1001基因组计划的合作组织。这个“拟南芥1001基因组计划”是2008年启动的，旨在通过对模式 ...

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玛卡基因组论文发表于Molecular Plant

热度 1 李雷廷 2016-6-11 10:18

2016年5月10日，玛卡（Maca, Lepidium meyenii ）基因组论文在线发表于Molecular Plant 杂志上。玛卡是原产南美洲安第斯山脉（ the Andes ）的一种十字花科（Brassicaceae）独行菜属（ Lepidium ）的一种植物。叶子椭圆，根茎形似小圆萝卜，可食用，营养成分丰富。现在在云南可以广泛种植。 玛卡基因组包含64条染色 ...

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利用词频确定英语用法

李雷廷 2016-6-10 11:37

在Google 尚未退出中国时，曾有一位谷歌的工作人员来到我所在大学办讲座，介绍Google的用法。其中有一个技巧多年来我印象深刻，依然在用，说Google可以用来学英语，还做了演示。他给出的思路是，利用Google搜索引擎去搜索多个候选用法，然后比较哪一个用法获得结果数最多，那么就可以得出结论这个用法更可靠。比如，我用Go ...

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