利用二代测序仪测序的一个文库是可以混合多个 DNA 文库的，混合文库的过程叫做 multiplexing。而为了从 multiplexed 文库的测序数据中无歧义地区分各个子文库，使用足够地 DNA barcodes 是极其重要的。2018 年 12 月 21 日，Bioinformatics 杂志在线发表了一篇题为“DNABarcodeCompatibility: an R-package for optimizing DNA-barcode combinations in multiplex sequencing experiments” 的论文，介绍了一个用于设计单末端或双末端 barcode 的 R 包，用于设计满足多种需求（包括测序仪试剂、barcode 之间的最小距离、核苷酸含量等）的 barcodes，并优化 barcode frequency usage。该软件可以辅助 demultiplexing 步骤，进而节约建库试剂盒的费用。同时该软件还提供了用户友好的界面及网页 app，分别是利用 Java 和 Shiny 开发的。这为 core facilities 的专家与无经验的用户的实验需求之间架起了桥梁。

DNABarcodeCompatibility 易扩展，可以满足特定地项目需求。其源代码和用户界面都是公开可用的，网址为 https://github.com/comoto-pasteur-fr 。同时，该软件也提供了相关的文档指导使用。其开源协议为 GPL-2。

设计双末端 barcodes 的用户界面

参考资料：

1. Céline Trébeau, Jacques Boutet de Monvel, Fabienne Wong Jun Tai, Christine Petit, Raphaël Etournay. (2018) DNABarcodeCompatibility: an R-package for optimizing DNA-barcode combinations in multiplex sequencing experiments. Bioinformatics, bty1030. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty1030

2. https://github.com/comoto-pasteur-fr

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