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在R中运行PERMANOVA须谨慎-Group不能为纯数字!!

已有 17565 次阅读 2016-10-10 13:09 |个人分类:R语言|系统分类:科研笔记| ANOSIM, PERMANOVA

温馨提示:


R语言的准确性待与PRIMER和PAST软件对比验证,目前验证的PERMANOVA数据结果在PEIMER和PAST软件中结果相同,但在R中有与其它2种软件结果不同的情况!下文R代码均为R软件自身提供,本博文不保证其准确性和适用性。

欢迎大家共同讨论,并期待R大神分享(R code for PERMANOVA)解决方案。



PERMANOVAANOSIMAnalysis of similarities等方法的目的类似,即比较样品组间的差异显著性。例:对多组数据进行聚类分析后得到2个大类,但是想知道这2个大类之间的差异是否显著,即可用上述方法。

ANOSIM比较的是组内或组间距离的平均值;对于样本量大小变化很敏感,适用于样本在欧式平面(Euclidean space)中单个数据变化有重要意义的情况;另,ANOSIM对异质性数据(方差不齐)很敏感,方差不等的情况不宜使用。

PERMANOVAANOSIM更强大,比较的是各组重心之间的差异;对样本数N以及方差的齐次性要求不高,推荐使用。

以上论述推荐参考:

Anderson M,Walsh D.(2013) PERMANOVA, ANOSIM and the Mante test in the face of heterogeneous dispersions: What null hypothesis are you testing?. Ecological Monographs,83(4):557-574.




Step1:数据填写方式如下图,及导入到R

其中,

FishBio6.csv6种鱼的某一指标(如体长SL/cm)的数据;

FishEnv6.csv6种鱼对应的2个分组,分组可以依据实际需要进行分类或者按照聚类结果(如对FishBio6.csv基于UPGMA算法进行聚类)进行分类。

FishBio.backup.csv显示出了第一列为鱼的种类,第2列开始均为SL数据,但这个csv文件只是便于大家理解数据的含义,在编码过程中不使用。

FishBio6<-read.csv("~/FishBio6.csv")

View(FishBio6)FishEnv6<- read.csv("~/FishEnv6.csv")View(FishEnv6)


#上图为FishBio6.csv文件


#上图为FishEnv6.csv文件

#上图为FIshBio.backup.csv文件


Step2:进行PERMANOVA计算,结果如下图

library(vegan)adonis(FishBio6~FishEnv6$Group,data = FishEnv6,permutations = 999,method="bray")->ad1ad1


#上图为PERMANOVA计算结果

本例结果为,Group1Group2之间的相关性系数的平方R2 = 0.35871p-value = 0.1

# 每进行一个999次permutations,得到p-value可能会有微小的波动,F-value和R2值等都不变。

# 但是,R软件自带代码得到的PERMANOVA结果与PRIMER及PAST软件结果不一致!!!


Step2 代码还可写为:

library(vegan)

distance.bray6<-vegdist(FishBio6,method = 'bray')

adonis(distance.bray6~FishEnv6$Group,data = FishEnv6,permutations = 999,method="bray")->ad2ad2    

#但 ad2ad1结果完全相同,所以不需要单独计算Bray-Curtis dissimilaritydistance.bray6


文中难免纰漏或错误之处,欢迎大家批评指正。


相关博文:

1.在R中如何运行ANOSIM——样品组间差异显著性检测

2.推荐一款免费好用的PRIMER替代软件:PAST软件






https://wap.sciencenet.cn/blog-651374-1007788.html

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