如果干净指的是公共卫生，那么可以从十七世纪算起。当时江户（东京）、京都、大阪等已经是人口四五十万的世界级大城市，政府采取了一列措施管理废弃物。粪便尿液等，学习中国的经验，用作肥料，不过当时中国城市人口不多，可以直接就地使用，而日本则是收集之后用船只运送到周边农村地区售卖，而且价格不低。1655年开始，江户政府禁止将生活垃圾倒入河流湖泊，继而有承包商开始收集生活垃圾，通过船舶堆填到Eitai Island(永代岛？），这项措施持续了两个世纪，而且在沼泽地堆填垃圾为江户开辟了很多新的土地。污水则是通过屋檐下方自建的沟渠排到护城河、自然河流等。出现的问题是例如粪便施肥造成霍乱，穷人能够获得的干净水源比较有限

当时日本的公共卫生状况应该是远好于欧洲的，中国可能也好于欧洲，主要是粪便施肥以及生活方式比较循环和朴素的原因，不过不好量化比较。19世纪三四十年代，英国发生了几场霍乱，之后政府采取了一系列措施，包括1848年颁布公共卫生法案，城市环境逐渐改善。日本在明治维新之后（十九世纪六七十年代）也开始接受欧洲的现代卫生观念如抽水马桶，而且很快做得比欧洲人好，虽然之后因为很多问题给排水等基础设施发展迟缓，但是公共卫生的观念深入人心，故而日本这方面一直做得比较好。从日据时期的台湾和伪满洲国也可以看出当时日本人的卫生习惯远远好于中国人，当时很多留学日本和欧美的学者认为中国人体弱的很大一个原因是因为脏乱，南京政府还曾经颁布《卫生运动宣传纲要》，新中国成立之后也有过爱国卫生运动，可惜效果都不明显


如果指环境污染的治理，那么从二十世纪七十年代开始才比较乐观。P. J. Marcotullio et al(2005)以著名的Environmental Risk Transition理论比较分析了东京和纽约的环境情况，

这个理论将环境问题分为三个阶段，传统问题譬如干净水源供应、卫生条件等会随着经济增长而逐渐降低；工业发展带来的环境问题，即工业三废，会经历一个类似我们说的“先污染后治理”的过程，也即环境库兹涅茨曲线；现代环境问题，如温室气体排放，则会随着经济增长而日趋严重。

日本的环境问题变迁中，这三个阶段重叠的比较多。明治维新之前，主要是传统问题，如缺乏干净水源、传染病，要注意的是纵轴只是一个相对值，其绝对值是低于西方国家的。明治维新之后，重工业得到发展，人口增长，环境问题被搁置，使得传统和工业发展环境问题并存。1900s-1950s初，工业的发展使得城市化加快，城市人口迅速增长，虽然基础设施建设得到发展，但是因为战争等原因继而被破坏，故传统环境问题依然存在而工业发展环境问题开始凸显。1950s-1970s初,日本经济迅速发展，传统环境问题得到解决，工业污染日趋严重，如其他答主举例的各种污染事件主要发生在这一时期。六十年代开始，公众意识到环境问题的严重，推动了系列相关法律的出台，七十年代初，日本经历经济转型，重工业被高新技术产业逐渐代替，此后日本工业污染问题大大改善。而日本也很早就意识到现代环境问题，从九十年代开始就关注温室气体并出台相关法律。

总的来说，日本民众的公共卫生和环境意识都比较强，之前很长一段时间的环境问题是政府“做”的，着手治理工业污染之后效果也非常明显。

S.B. Hanley (1987) Urban sanitation in preindustrial Japan.
P. J. Marcotullio et al (2005) Globalization and urban environmental transitions: Comparison of New York’s and Tokyo’s experiences

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