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如何在新版macOS Catalina上运行的64位VMD 1.9.4

已有 2015 次阅读 2020-9-21 21:59 |个人分类:VMD|系统分类:科研笔记| VMD, macOS, 软件

如何在新版macOS Catalina上运行的64位VMD 1.9.4


背景

Visual Molecular Dynamics(VMD)是伊利诺伊大学的理论和计算生物物理小组自1992年左右以来一直在开发的计算机分子观察软件。一个著名的分子动力学软件包( NAMD),也在这里开发,并一直受到资深分子动力学模拟研究人员的喜爱。

如今,分子观看者正在将它们的份额丢失给后来开发的UCSF Chimera,PyMOL,Cuemol等,它们具有精美的渲染功能和简单的用户界面,但VMD轻便且多功能,因为它已经存在了很长时间。 仍然是一种优势,不仅受到生物聚合物模拟研究人员的欢迎,而且也受到量子化学研究人员的欢迎。

新版的macOS Catalina

现在的计算科学家经常使用Linux OS(已长期开发和维护各种计算软件包)进行研究,但是考虑到办公室工作和日常使用,仅Linux Os 是不够的。 特别是,它不支持使用从办公室工作获得的Microsoft Office格式和打印机的使用来进行文档工作,因此大多数人可能同时使用Windows或macOS这两把剑。

在这种情况下,macOS通常是基于UNIX设计的,并且与Linux程序兼容,尽管价格昂贵,但似乎很多人都在使用macOS。

但是,随着macOS catalina(10.15)于2019年10月发布,出现了一种情况,所有运行了很长时间的32位版本程序都被切断了。结果,设法继承了计算科学领域的秘密编译程序的人停止了在macOS上的工作。如果您可以获取程序的源代码并以正确的步骤执行编译程序,则可以在Catalina上对其进行操作而不会出现问题,但是它不是像VMD这样的开源程序,因此编译程序很困难。因此,即使是官方网站也尚未发布支持Catalina的VMD版本。我也尝试了编译仪式,但是我无法解决有关FLTK的规范有些奇怪并且很快出现软件闪退等情况。

因此,似乎在不经意升级到Catalina的macOS使用者中,就出现了使用VMD的难民。

解决方案

1.新买的macOS系统,启动VMD时:

VMD从2020年4月底开始正式发布Catalina的Alpha版本。http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/alpha/

千万不需要以非官方下载链接。

安装后,如果在Finder中点击VMD 1.9.4a38,可以启动。但是使用其他途径,则显示启动失败。

尝试从终端启动命令时,根据环境的不同,可能会出现以下错误消息。

$ /Applications/VMD\ 1.9.4a38.app/Contents/vmd/vmd_MACOSXX86
dyld: Library not loaded: /usr/local/opt/tcl-tk/lib/libtk8.6.dylib
 Referenced from: /Applications/VMD 1.9.4a38.app/Contents/vmd/vmd_MACOSXX86
 Reason: image not found
zsh: abort      /Applications/VMD\ 1.9.4a38.app/Contents/vmd/vmd_MACOSXX86
这是因为,新版macOS系统没有Tcl-tk语言支持。需要安装Tcl-tk语言。
通过安装homebrew(https://brew.sh/index_zh-cn)
在终端输入 brew install tcl-tk 就可以解决。
2.macOS升级系统前,就存在VMD软件
卸载已有VMD,重复一遍1步骤。或者重新安装以前的macOS。



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