置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)

隐藏 2017-9-21 13:04

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...

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如何快速查询人基因组的LD连锁不平衡信息

赵加栋 2020-10-13 10:56

最近做PRS评分，需要用到连锁不平衡信息，来进行位点筛选，找了好几个工具用于计算连锁不平衡，也发现了个好用的网页工具来进行查询，在这里和大家分享一下！ 地址在这，阅读原文也是这个，后面的操作都在这个网页进行的。由于这个网站用到了谷歌的一些组件，可能需要科学上网才能访问。什么，你不会，我有个凑活着用的方 ...

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QIIME 2 2020.8 更新学习

赵加栋 2020-9-5 14:59

QIIME 2 2020.8 版本现已发布！感谢所有参与的辛勤工作！ 提醒一下，我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 11月发布 （QIIME 2 2020.11），但请继续关注更新。 查看 QIIME 2 2020.8 文档 有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息，以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题，请与QIIME 2论坛联系！ 虚拟机镜像将 ...

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宏转录组学习笔记（三）

赵加栋 2020-8-27 21:22

这是封面这本书的学习笔记，前面的笔记在这： 1.宏基因组学习笔记 2.宏基因组学习笔记2 生物信息数据分析工具 QIIME(Quantitative Insights Into Microbial Ecology)和MOTHUR是引用最多、应用最广泛的软件。它们都可以用来分析原始测序数据生成OTU/丰度表，并进行不同样本的比较。QIIME2于2018年发布，是一个 ...

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QIIME2又双叒叕更新了

赵加栋 2020-7-3 15:23

更新亮点都有啥呢？大概是几个命令和以前不一样了。以下是发布详细信息： QIIME 2 2020.6 版本现已发布！感谢所有参与的辛勤工作！ 提醒一下，我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 8 月发布 （QIIME 2 2020.8），但请继续关注更新。 查看 QIIME 2 2020.6 文档 有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息，以及教 ...

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[转载]GWAS和群体遗传学笔记

赵加栋 2020-6-14 18:15

最近听了菲沙基因的网课，记录一下！多数是其课程ppt的截图，如有侵权，立马删除。声明，和这个公司无利益相关，只是为了学习和分享知识。 群体遗传分析步步骤总览 主要包括7个步骤，分别是：SNP过滤、基因型填充、进化树分析、主成分分析、群体遗传结构分析、连锁不平衡分析和GWAS分析。 1.SNP过滤 ...

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生物信息学数据管理习题 Python3

赵加栋 2020-5-15 13:57

这是我两三年前学习过的一本书，我觉得这本书挺好，把生物学的问题直接在python学习中解决了，推荐给大家，之前还整理了习题代码，分享一下。之前分享在了github上，收获了10颗星，惭愧，已经是我最多星的一个。还有一两个习题记得没有解答出来，如果你解答出来了，欢迎交流！代码有的肯定不是最优的，只是一种解答方法 ...

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Nanopore 16S测序数据分析流程之last和centrifuge

赵加栋 2020-5-7 11:10

最近有朋友和我交流纳米孔16S测序数据的分析，发现真的没有从头完成过一次这方面的数据分析，然后发现这方面的资料也比较少，于是学习一下，和大家分享。坦白说，牛津纳米孔测序技术在16S多样性研究方面还是有些不足的，只能说勉强够用，主要应用场景是在一些现场快速检测方面，主要是病原菌这种。但是，相信随着测序准确 ...

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使用nf-core的ampliseq（qiime2）流程分析16S数据

赵加栋 2020-4-11 13:31

最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具，发现官方有qiime2的流程，学习一下，顺便探索一下中间的坑。关于nf-core， 这篇推文 已经介绍的够多了，我这里主要学习它的搭建和使用。 一、环境搭建 首先，先进行环境搭建工作，这是必修课和基础，没有环境，什么也做不了。理解下来，nf-core可以使用三种 ...

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使用纳米孔测序数据进行16S-DNA条形码研究的计算方法[综述]

赵加栋 2020-4-11 13:11

摘要 通过对16S核糖体RNA（16S rRNA）基因进行测序来评估细菌多样性已广泛用于环境微生物学中，特别是自从高通量测序技术问世以来。这些技术带来的另一项创新是需要开发新的策略来管理和研究生成的大量测序数据。这种情况刺激了生物信息学领域的快速扩展，发布了新的工具，主要用于使用Illumina技术生成的测序数据的下游 ...

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