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- 置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)
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- bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...
- 将QIIME2学习进行到底
- qiime2-2019.1已经发布，程序稳定性越来越好，鉴于官方已经停止支持qiime1，有必要把qiime2的所有细节都理清，学好，这样才能对自己的数据进行实战分析，并将结果运用于实验和生产过程中。发现文档更新也相当快，感谢公众号宏基因组翻译的文档，让我在看许多专业术语方面扫清不少障碍，但是你介于翻译过来的命令却已经过时 ...
- qiime2-2019.1更新学习笔记
- QIIME2 2019.1发布啦，继续紧跟步伐，看看更新了哪些内容，一并备忘。 这个发布生版本主要针对更新依赖环境，升级到了Python 3.6，一个新的 r-vegan Adonis visualizer，修复了一些小bugs，虚拟机镜像和新的预训练分类器立马可得。后面qiime2的发布节奏会是这样的： QIIME 2 2019.4 QIIME 2 2019.7 QIIME 2 2019. ...
- 肠型分析学习笔记
- 肠型，Enterotype，是2011年在这篇文章中提出的，即将过去的2018年又有20多们肠道微生物的大佬对肠型的概念进行了回顾和确认。一直比较好奇怎样来用代码分析肠型，今天找到了这个教程，放在这： 这是那篇原始的文章：Arumugam, M., Raes, J., et al. (2011) Enterotypes of the human gut microbiome, Nature,doi://10.10 ...
- [译]如何理解你的肠道微生物检测报告和数据
- https://www.vitamodularis.org/articles/how_to_interpret_your_microbiome_data.shtml 内容来自这篇文章，只是摘抄翻译了部分内容，英文好的直接出门左转到原文。 首先，作者提到了在国外几个较早的肠道菌检测机构和平台，美国肠道计划AGP，uBiome，Atlasbiomed，这三家，是西方人能做的其中几个。 然后，作者强调了HLA ...
- bioconductor新的安装方式
- 今天学点R，发现bioconductor新的安装方式，于是记录一下，备忘。 1.bioconductor新的安装方式 废弃警告： Warningmessages: 1:package‘BiocInstaller’wasbuiltunderRversion3.5.1 2:'BiocInstaller'and'biocLite() ...
- 肠道微生物与结直肠癌文献阅读笔记
- 阅读的综述翻译的中文杜标题是《肠道菌群失调促进结直肠癌的发生》，英文名为『Dysbiosis of gut microbiota in promoting the development of colorectal cancer』，文章地址在：https://academic.oup.com/gastro/article/6/1/1/4430984 从公众号 胃肠学术平台 中的推文中看到了这篇文章，于是决定读下。 阅读的要点 1. ...
- 继续学习–生信
- 最近从图书馆借了《生物信息学（第2版）》国防科大刘伟主编的，继续我的学习之路。我是图书馆有啥新书就借来读读，一来比较喜欢新书，二来这书好像也不怎么热，能借得到，虽然好多内容是重复，也有新东西可学的快感，顺便复习一下也不错。 1. weka 这次，我看到了weka，学习一下！ Weka的全名是怀卡托智能分析环境（Wai ...
- qiime2和美国肠道计划学习笔记
- 1.qiime2论文阅读笔记 1)qiime2正在从一个单纯的marker gene分析软件向代谢组学和基因组学发展，并且，正逐步形成一个生态系统，方便任何开发者为之开发插件。 2）.qza和.qzv其实是标准的zip格式，可以方便解压得到数据，和之前一直以为的qiime2是封闭的，不让人把数据解开的印象完全不一样嘛。 2.美国肠道计划学习笔记 ...
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